L'équipe de Thomas Tuchel était loin de son meilleur niveau alors qu'elle a réussi à passer le DR Congo, ayant besoin de deux buts tardifs de son capitaine Harry Kane pour progresser au tour de 16.
Rooney n'a pas retenu ses mots dans son évaluation de la performance après le temps réglementaire.
"Pour moi, il y a de grandes inquiétudes. Nous sommes tous ravis qu'Angleterre soit passée, mais en particulier quand l'Angleterre perd le ballon, elle est tellement ouverte," a déclaré Rooney à la BBC. "Contre une meilleure équipe, je pense que nous serons en grand danger si nous ne réglons pas cela.
"La connexion n'est pas bonne entre la défense et le milieu de terrain, les arrières latéraux ont du mal, Madueke a eu des difficultés. Il n'y a tout simplement aucune connexion et de grands espaces au milieu du terrain et c'est une grande préoccupation pour moi.
"Il doit vraiment regarder cela sinon nous allons sortir."
L'Angleterre a battu le DR Congo mercredi mais a eu du mal pendant de larges parties du match, et affrontera désormais le Mexique à Mexico lundi matin.
Rooney a également suggéré que l'Angleterre aurait dû faire appel à l'expérience de Kyle Walker après une blessure à Tino Livramento.
"Nous l'avons déjà vu où des joueurs sont revenus de leur retraite... Je pense qu'au moment où Tino Livramento s'est blessé, ils auraient dû immédiatement appeler Kyle Walker," a déclaré Rooney.
"Kyle est toujours plus que suffisamment bon et plus que capable de jouer dans cette équipe d'Angleterre. J'aurais été au téléphone avec lui en disant, 'Écoute, nous avons besoin de toi ici, peux-tu venir et nous aider', car cela pourrait vraiment nous coûter cher. Je suis inquiet à ce sujet."
Rooney a également critiqué la performance de Djed Spence en tant qu'arrière droit.
Malgré ses inquiétudes, Rooney a réservé des éloges particuliers pour Kane, le héros du match, qui a maintenant marqué 13 buts en Coupe du Monde.
"Son coup de tête était brillant mais le deuxième but était incroyable et il est tout simplement un joueur exceptionnel," a déclaré Rooney. "Tous les meilleurs joueurs du monde se distinguent lors de cette Coupe du Monde, il est la superstar de l'Angleterre, il est notre héros.
"Il y a quelques points qu'ils doivent clarifier : je n'étais pas trop sûr du milieu de terrain et de la défense dans cette performance mais la chose principale au football est de passer et Harry Kane l'a encore fait pour nous."