Karl, 18 ans, a mis les champions allemands en tête juste avant la mi-temps et a célébré en mettant son doigt sur ses lèvres dans un geste de "chut" envers les supporters locaux, qui l'ont pris comme une provocation et ont hué l'ailier pour le reste du match.
Harry Kane a ensuite assuré une victoire 2-1 pour le Bayern, mais Karl a ressenti le besoin de clarifier sa célébration par la suite.
"Ce sont les émotions qui prennent le dessus. Je suis désolé si les supporters m'ont mal compris, ce n'était pas l'intention," a déclaré Karl.
"La plupart des fans de football savent qu'il s'agit d'émotions, et que c'est simplement une partie du jeu. Je suis désolé pour cela."
Elversberg, fraîchement promu en Bundesliga, espérait provoquer une grande surprise contre les visiteurs, et bien que le choc ne se soit pas matérialisé, l'équipe locale a réalisé une performance impressionnante et a failli prendre un point aux champions devant leurs propres supporters.
Le milieu de terrain Maximilian Rohr était satisfait de la performance de son équipe malgré la défaite.
"Nous avons peut-être perdu, mais je suis tellement heureux d'avoir joué contre une équipe comme ça," a déclaré Rohr au site officiel du Bayern Munich. "Je pense que nous avons bien joué, et nous pouvons être fiers de notre performance."
Elversberg a fait un bon départ dans sa vie en Bundesliga, avec six points en trois matches après leur promotion, et se rendra prochainement à Schalke 04 pour leur prochain match de championnat alors qu'ils cherchent à capitaliser sur un début prometteur.