L'absence du joueur de 31 ans a été remarquée alors qu'Everton accueillait Newcastle au Hill Dickinson Stadium pour le match de quatrième tour de jeudi, le club confirmant que son omission était disciplinaire plutôt que liée à une blessure.
L'équipe de David Moyes a progressé vers les quarts de finale avec une victoire 3-1, mais les circonstances entourant l'absence de Grealish ont soulevé des questions sur son avenir immédiat au club.
Everton a annoncé la décision par le biais de son actualité officielle de l'équipe avant le coup d'envoi.
"Jarrad Branthwaite reste écarté pour un deuxième match consécutif en raison des protocoles de commotion cérébrale, tandis que Jack Grealish est indisponible pour sélection en raison d'une violation de la discipline du club," a déclaré le club.
Selon des rapports, Grealish n'a pas assisté à l'entraînement lundi sans autorisation.
L'international anglais avait manqué le précédent match de Premier League d'Everton contre Arsenal en raison d'une maladie, les Toffees s'inclinant 2-0 au Emirates Stadium.
Il est ensuite retourné à l'entraînement dans le complexe Finch Farm du club, mais son absence non autorisée a conduit à des mesures disciplinaires et à la perspective d'une pénalité financière.
L'incident est particulièrement malheureux pour Grealish étant donné l'importance que Moyes a accordée à son expérience et à son leadership depuis son retour à Merseyside.
L'ailier a connu une période de prêt productive à Everton la saison dernière, enregistrant deux buts et six passes décisives en 20 apparitions avant qu'une blessure au pied ne mette fin à sa campagne prématurément.
Manchester City a ensuite accepté un autre prêt d'une saison, offrant à Grealish l'opportunité de reconstruire sa forme physique et de retrouver le niveau qui a fait de lui l'un des joueurs offensifs les plus influents du football anglais.
Moyes a constamment souligné qu'il attendait plus que des performances individuelles de l'ancien milieu de terrain d'Aston Villa.
S'exprimant plus tôt dans la saison, l'entraîneur d'Everton a expliqué que Grealish avait la responsabilité de devenir une figure senior au sein d'un effectif en développement.
"Je pense que Jack sait maintenant ce que j'attends. Nous avons eu beaucoup de conversations l'année dernière. Il sait que lorsqu'il vient ici, il a l'opportunité de jouer et de montrer ce qu'il peut faire.
"Mais je veux aussi qu'il soit un professionnel senior et un modèle. Nous avons Tyrique et Tyler et si jamais vous cherchez quelqu'un pour jouer en tant que joueur de côté, Jack Grealish serait certainement l'un d'eux.
"Je pense que tous les deux pourraient apprendre énormément de Jack et je veux qu'il devienne ce senior parmi eux, quelqu'un qui les enseigne."
Moyes faisait référence aux jeunes joueurs offensifs Tyrique George et Tyler Dibling, l'entraîneur souhaitant que Grealish utilise son expérience pour aider leur développement.
Il croit également que l'ailier a la personnalité nécessaire pour gérer les attentes qui accompagnent le fait d'être l'un des joueurs les plus reconnaissables d'Everton.
"S'il y a une personne qui pourrait supporter cela [la pression], ce serait Jack, juste à cause de sa façon d'être. Il trouvera facile de porter les attentes et il sera heureux de le faire. C'est son caractère," a déclaré Moyes.
L'entraîneur a également reconnu que les supporters s'attendaient à ce que Grealish retrouve son meilleur football lors de sa deuxième saison au club.
"Je pense que c'est le cas [qu'il y a plus d'attentes lors de la deuxième saison] parce que tout le monde veut que Jack revienne à son meilleur niveau. Ses trois premiers mois chez nous la saison dernière ont été extrêmement importants pour nous obtenir des victoires, donc maintenant il s'agit de le remettre en forme pour performer à ce niveau à nouveau."
Moyes a précédemment souligné les difficultés physiques auxquelles Grealish a été confronté après sa longue absence, expliquant que le joueur avait passé six mois et demi éloigné et n'avait pas bénéficié d'une préparation complète.
Il a également suggéré que des matchs réguliers seraient particulièrement importants pour aider l'ailier à retrouver sa vivacité.
Grealish avait fait six apparitions pour Everton cette saison avant le match contre Newcastle, étant revenu dans l'équipe après son absence contre Arsenal.
L'incident disciplinaire constitue désormais une complication indésirable pour un joueur qui a besoin de football régulier pour reconstruire sa confiance et sa forme physique.
Pour Moyes, cependant, le message est clair : l'expérience et la réputation de Grealish apportent des responsabilités, et sa position au sein de l'effectif dépend du respect des normes attendues d'un professionnel senior.