Le joueur de 30 ans est attendu en Arabie Saoudite vendredi pour finaliser un transfert de 51 millions de livres, Villa étant prêt à finaliser la signature de Nicolas Jackson de Chelsea pour 65 millions de livres en tant que remplaçant.
Emery a loué la conduite de Watkins tout au long de ses six années à Villa Park et a confirmé que lui et l'équipe avaient accepté les excuses de l'attaquant après qu'il se soit rendu indisponible pour la défaite de dimanche en Premier League contre Brighton & Hove Albion.
Watkins quitte Villa en tant que meilleur buteur de l'histoire de la Premier League avec 91 buts, faisant partie d'un total de 108 toutes compétitions confondues depuis son arrivée de Brentford pour 28 millions de livres en 2020. Il a été une figure centrale dans le triomphe de Villa en Ligue Europa en mai, et sa forme cette année lui a valu une place dans l'équipe d'Angleterre pour la Coupe du Monde de cet été.
"Il nous a dit après le match contre Brighton qu'il était désolé et qu'il avait fait une erreur. Il avait tort, mais nous l'avons accepté. Les joueurs aussi," a déclaré Emery.
"Son engagement et son comportement étaient fantastiques. C'est un gars fantastique - un gars fantastique encore plus qu'un joueur. Je lui ai dit 'au revoir' avec un énorme câlin et avec quelques larmes.
"Mais maintenant, c'est un nouveau chapitre ici avec Nicolas Jackson."
Villa a convenu des termes pour Jackson et travaille pour que l'international sénégalais soit enregistré à temps pour la visite d'Arsenal lundi.
Watkins devient la dernière figure expérimentée à quitter Villa Park cet été, et Emery a exhorté les supporters à faire confiance à la stratégie du club malgré le départ de plusieurs éléments clés de la campagne réussie de la saison dernière.
"Nous avons pris des décisions parce que c'est bon pour le club," a déclaré Emery. "Bien sûr, nous ne voulons pas être un club qui vend des joueurs, mais la responsabilité est là. C'est fou [de l'argent pour quelqu'un] de 30 ans et 50 millions de livres pour Ezri Konsa [qui a 28 ans].
"Comment nous avons évolué l'année dernière avec certains joueurs et comment nous pouvons vendre certains joueurs maintenant est complètement la bonne décision. Nous devons reconstruire l'équipe aussi vite que possible. [Les fans] doivent accepter notre façon de faire et pourquoi nous prenons certaines décisions."
Dans le cadre de cette reconstruction, Leon Goretzka a complété un transfert gratuit à Villa jeudi après avoir quitté le Bayern Munich à la fin de la saison dernière. Le milieu de terrain allemand a remporté sept titres de Bundesliga et la Ligue des champions pendant son temps en Bavière.
"C'est un gagnant. C'est un joueur très compétitif - un bon joueur à ajouter à notre équipe," a déclaré Emery à propos de Goretzka. "Il est polyvalent et arrive en forme et s'entraîne bien. Espérons qu'il pourra être sur le terrain lundi."