Fernandes a été laissé sur le banc lors de la défaite à domicile 3-0 contre Bournemouth dimanche après avoir remis en question publiquement l'approche de United lors de leur défaite 4-1 en Ligue des champions contre Como.
La décision a soulevé des questions sur la relation entre les deux hommes, en particulier avec Carrick sous pression croissante suite à la série de résultats décevants de United.
Cependant, l'entraîneur de United a maintenant clairement indiqué que Fernandes reste une partie importante de ses plans et continuera à porter le brassard de capitaine.
Les deux hommes se sont rencontrés au centre d'entraînement de Carrington de Manchester United mardi, leurs discussions visant à résoudre les problèmes en suspens et à permettre au club de se concentrer sur l'amélioration de ses performances.
S'exprimant avant la rencontre de Premier League de samedi contre Chelsea, Carrick a rejeté les suggestions selon lesquelles une décision devait être prise concernant la capitanat de Fernandes.
"Il n'y a pas de décision à prendre à ce sujet," a-t-il déclaré.
"Écoutez, nous sommes clairs sur la situation de l'équipe, et en tant que club de football, pour le moment.
"C'est un joueur important pour ce groupe. Il l'a été et il le sera.
"Entre nous, nous devons faire une différence et nous devons pousser les choses dans une bonne direction.
"Il est pleinement engagé envers ce club de football, il est pleinement engagé à améliorer les choses. Il n'y a absolument aucun problème à ce sujet."
L'absence de Fernandes contre Bournemouth a attiré une attention considérable, surtout après qu'il ait été critique envers l'approche tactique de l'équipe après la défaite en Italie.
Le milieu de terrain avait remis en question la réticence de United à presser leurs adversaires de manière plus agressive, suggérant que le staff technique devait reconsidérer leur stratégie.
Carrick a ensuite insisté sur le fait que sa décision de laisser le capitaine de côté était basée sur des considérations footballistiques plutôt que sur une quelconque action disciplinaire.
Il a maintenu cette position tout en précisant que le désaccord n'affectera pas les responsabilités à long terme de Fernandes au sein de l'équipe.
"Cela ne change rien pour moi. C'était une décision basée sur ce que nous ressentions pour le match contre Bournemouth. C'est tout," a ajouté Carrick.
"C'est lui qui a si bien dirigé l'équipe pendant de nombreux matchs et de nombreuses années, et il continuera à le faire. Il n'y a absolument aucun problème à ce sujet."
La confirmation intervient à un moment important pour United, Carrick ayant besoin de restaurer la confiance et de trouver un moyen d'améliorer les résultats.
Leur défaite contre Bournemouth a prolongé une séquence alarmante sans victoire, augmentant le scrutin sur l'entraîneur et la décision du club de le maintenir en poste.
United se rendra maintenant à Stamford Bridge sachant qu'une autre performance décevante intensifierait la pression.
Le retour de Fernandes dans le onze de départ reste une décision de sélection distincte, bien que sa participation continue sera significative alors que Carrick tente d'apporter une plus grande stabilité à l'équipe.
Les commentaires de l'entraîneur éliminent néanmoins une source d'incertitude, le joueur international portugais conservant le capitanat et le soutien de son entraîneur.
Pour Carrick, la priorité immédiate est de s'assurer que les discussions se traduisent par des performances améliorées, plutôt que de permettre au désaccord de devenir une autre distraction durant une campagne de plus en plus difficile.