Les champions allemands ont annoncé dimanche que Saibari avait subi une opération après s'être blessé à la cheville droite lors du Klassiker.
Le milieu de terrain a été contraint de quitter le match, qui s'est terminé par un match nul à l'Allianz Arena. Le Bayern Munich a ensuite confirmé que le joueur de 25 ans avait subi une déchirure du ligament syndesmotique et avait été opéré.
Gnabry a également quitté le match avec une blessure, le club confirmant que l'international allemand avait subi une blessure musculaire à l'arrière de sa cuisse gauche.
Ces deux revers sont un coup dur supplémentaire pour le Bayern, qui gérait déjà un certain nombre d'absences dans ses options offensives.
Le club n'a pas fourni de date de retour définitive pour les deux joueurs, ce qui signifie que leur disponibilité pour la série de matchs exigeants à venir reste incertaine.
L'équipe de Vincent Kompany doit maintenant évaluer ses options alors qu'elle se prépare pour la rencontre de mardi en Ligue des champions contre l'Atlético Madrid. Les blessures ajoutent également des questions concernant la profondeur de l'effectif du Bayern, en particulier alors que la saison entre dans une période chargée.