La advertencia llega después de que la Premier League encontrara al City culpable de todas menos una de las 115 acusaciones presentadas contra el club por supuestas violaciones financieras.
El Telegraph informa que funcionarios emiratíes han advertido al Gobierno que miles de millones de libras de inversión futura potencial podrían ser retirados debido a la decisión.
Entre los proyectos potencialmente afectados se encuentra el propuesto corredor tecnológico de Oxford-Cambridge, que los ministros han estado buscando inversión privada para desarrollar como un importante centro tecnológico y de ciencias de la vida en el Reino Unido.
El Gobierno se ha comprometido a £500 millones para el proyecto, pero está buscando alrededor de £10 mil millones en inversión privada, siendo Abu Dhabi considerado como una fuente potencial importante.
La disputa también ha planteado preguntas sobre la relación entre el presidente del Manchester City, Khaldoon Al Mubarak, y altos ministros del Reino Unido.
Al Mubarak se reunió con el Secretario de Negocios, Jonathan Reynolds, en Downing Street dos semanas antes de que la Premier League anunciara su veredicto contra el City. El Departamento de Negocios y Comercio dijo que la reunión se centró en comercio, defensa y seguridad, en lugar del club de fútbol.
En ese momento, Al Mubarak ya sabía que el City había sido declarado culpable, aunque los detalles de la decisión aún no se habían hecho públicos.
Las preocupaciones de los EAU se han extendido más allá de los proyectos de inversión específicos. Bloomberg informó que los funcionarios creían que las acciones de la Premier League podrían influir en la relación más amplia entre los EAU y el Reino Unido.
La situación también ha puesto a Andy Burnham bajo escrutinio después de que el exalcalde de Greater Manchester dijera que estaría "realmente preocupado" si los propietarios del City decidieran vender el club.
"Han sido un socio tan enorme en la construcción del Manchester moderno", dijo Burnham. "Obviamente, la construcción del Manchester City en la fuerza global que es."
Downing Street posteriormente enfatizó que nadie podría considerarse por encima de las reglas después de los comentarios de Burnham.
"El juicio inicial [contra el City] es serio y no puede haber ninguna sugerencia de que alguien esté por encima de las reglas", dijo Downing Street.
El Manchester City ha rechazado los hallazgos de la Premier League y dijo que apelará el veredicto.
La Premier League encontró al club culpable de organizar lo que describió como "contratos simulados" y de inflar artificialmente sus resultados financieros en más de £900 millones para eludir las reglas de gasto, según el informe proporcionado.
Por lo tanto, el caso podría tener consecuencias que se extienden más allá del fútbol, con el veredicto ahora vinculado a los esfuerzos del Reino Unido para asegurar una inversión importante de los EAU.
Para el Gobierno, el desafío inmediato es mantener la relación con Abu Dhabi mientras permite que el proceso disciplinario de las autoridades del fútbol continúe de manera independiente.