El equipo de Thomas Tuchel estuvo lejos de su mejor nivel mientras superaba a la República Democrática del Congo, necesitando dos goles tardíos del capitán Harry Kane para avanzar a los octavos de final.
Rooney no se contuvo con su evaluación de la actuación después del tiempo completo.
"Para mí hay grandes preocupaciones. Todos estamos encantados de que Inglaterra haya pasado, pero en particular cuando Inglaterra pierde el balón, están tan abiertos," dijo Rooney a la BBC. "Contra un mejor equipo creo que estamos en grandes problemas si no solucionamos eso.
"La conexión no es buena entre la línea defensiva y el mediocampo, los laterales están luchando, Madueke tuvo dificultades. Simplemente no hay conexiones y hay grandes huecos en el medio del campo y eso es una gran preocupación para mí.
"Realmente necesita mirar eso, de lo contrario nos quedaremos fuera."
Inglaterra venció a la República Democrática del Congo el miércoles, pero luchó durante grandes partes del partido, y ahora se enfrentará a México en la Ciudad de México el lunes por la mañana.
Rooney también sugirió que Inglaterra debería haber llamado a la experiencia de Kyle Walker tras una lesión de Tino Livramento.
"Lo hemos visto antes donde los jugadores han salido de su retiro... Creo que en el momento en que Tino Livramento se lesionó, deberían haber estado directamente al teléfono con Kyle Walker," dijo Rooney.
"Kyle sigue siendo más que lo suficientemente bueno y más que capaz de jugar en este equipo de Inglaterra. Yo habría estado al teléfono con él y diciendo, 'Escucha, te necesitamos aquí, así que ¿puedes salir y ayudarnos?', porque eso realmente podría costarnos. Estoy preocupado por eso."
Rooney también fue crítico con la actuación de Djed Spence como lateral derecho.
A pesar de sus preocupaciones, Rooney reservó elogios especiales para el héroe del partido Kane, quien ahora ha anotado 13 goles en Copas del Mundo.
"Su cabezazo fue brillante, pero el segundo gol fue increíble y es simplemente un jugador de primer nivel," dijo Rooney. "Todos los mejores jugadores del mundo están rindiendo en esta Copa del Mundo, él es la superestrella de Inglaterra, es el héroe para nosotros.
"Hay pocas cosas que necesitan aclararse: no estaba muy seguro sobre el mediocampo y la defensa en esa actuación, pero lo principal en el fútbol es que te las arreglas para avanzar y Harry Kane lo ha hecho de nuevo por nosotros."