El jugador de 39 años hizo su 208ª y última aparición con Argentina frente a un público agotado de 85,000 en el Monumental, poniendo fin a una extraordinaria carrera internacional.
Messi se dirigió a los aficionados durante casi 10 minutos después del partido, admitiendo que no quería que el momento terminara, mientras que compañeros de equipo como el mediocampista del Manchester City Enzo Fernández estaban visiblemente emocionados.
"Hay tantas emociones pasando por mí en este momento. Seguramente estoy olvidando muchas cosas que me gustaría decir porque este es un momento muy difícil para mí", dijo Messi.
"La primera persona que me viene a la mente es mi papá. Me voy agradecido, orgulloso y en paz. Gracias por todo."
El padre de Messi, Jorge, falleció a los 68 años tras una larga enfermedad, y el partido contra Benin fue la primera aparición del delantero con Argentina desde su muerte.
Había anunciado su retiro internacional en agosto, diciendo que la decisión dolía pero que había llegado el momento. Su última aparición fue marcada por fuegos artificiales, música, un espectáculo de láser y una gigantesca camiseta de Argentina con su número 10 y la palabra 'gracias'.
La relación de Messi con la selección nacional comenzó en 2005, cuando fue expulsado menos de un minuto después de entrar como sustituto contra Hungría.
Se convirtió en uno de los mejores jugadores de Argentina, ganando la Copa del Mundo 2022 y dos títulos de la Copa América.
"No me queda nada más que agradecer esta camiseta", dijo Messi.
"Durante 20 años, incluso a través de los peores momentos, nunca dejé de luchar, seguir adelante, dar todo lo que tenía y querer estar aquí."
Messi admitió que dejar Argentina dolerá después de pasar dos décadas representando a su país.
"No venir aquí más y ya no estar con la selección argentina va a doler mucho", dijo. "Si dependiera de mí, me encantaría estar aquí toda mi vida, porque jugar para Argentina es lo más hermoso que hay."
El delantero también reflexionó sobre el esfuerzo requerido para llegar a la final de la Copa del Mundo este verano.
"Estuvimos muy cerca de ganarla de nuevo", dijo Messi. "En 2022, teníamos el sueño de cumplir no solo mi sueño, sino el sueño de un país entero: convertirnos en campeones del mundo nuevamente. Y lo hicimos."
La carrera de Messi en clubes continuará con Inter Miami, donde tiene contrato hasta el final de la temporada 2028.