El centrocampista de 18 años, que hacía su debut en la competición de élite de Europa, acababa de realizar un pase rutinario cuando de repente se sentó en el césped y pidió asistencia médica.
Fue atendido de inmediato por los médicos del club y transportado al hospital para un examen más detallado.
Dortmund confirmó más tarde que el internacional griego había sufrido problemas circulatorios.
"Konstantinos Karetsas tuvo que abandonar el campo debido a problemas circulatorios," dijo el club en un comunicado. "Kosta está bien dadas las circunstancias y se dirige al hospital para más pruebas."
El entrenador Niko Kovac abordó el incidente tras la victoria de su equipo por 3-2, revelando que había tranquilizado al equipo en el medio tiempo de que su compañero estaba en una condición estable.
"Son problemas circulatorios. Está en el hospital, siendo examinado. No sabemos más detalles todavía, así que por favor entiendan que no puedo decir más al respecto," dijo Kovac.
"Pero les dije a mi equipo en el medio tiempo que todo está bien. Por supuesto, están preocupados."
El director deportivo Ole Book hizo eco de esas preocupaciones, admitiendo que el episodio había ensombrecido el resultado.
"No sabemos mucho más. Sucedió muy de repente, se sentó y fue llevado al hospital para más exámenes, donde aún está. Estamos esperando ahora. Eso definitivamente empaña el ambiente," dijo Book.
"No estaba enfermo antes. El hecho de que se perdiera la última sesión de entrenamiento fue por otras razones, tuvo algunos problemas diferentes allí."
El director general Lars Ricken describió el colapso como algo que vino "de la nada," añadiendo que no hubo señales de advertencia en la preparación para el partido.
Karetsas se unió al Borussia Dortmund procedente del KRC Genk en julio por una tarifa de 30 millones de euros y fue una de las adquisiciones más destacadas del club en verano.
Se esperaba que el ex internacional juvenil de Bélgica desempeñara un papel central en la campaña europea del Dortmund junto a su compañero recién llegado Giannis Konstantelias, quien sufrió una lesión de ligamento cruzado que le puso fin a la temporada en su debut en Bundesliga el mes pasado.
El club ha indicado que se proporcionarán más actualizaciones sobre la condición de Karetsas una vez que se completen las pruebas en el hospital.