La ausencia de Fernández en la victoria del jueves sobre Luton Town fue una sorpresa dado que Alonso había dicho el día anterior que tenía la intención de utilizar al argentino.
El entrenador explicó su razonamiento sin abordar directamente la especulación que vinculaba a Fernández con un traspaso de £120 millones a Manchester City.
"Necesitamos a los jugadores que están en la mejor situación para jugar. Necesitamos tener todo en cuenta: jugadores que están en un buen momento, jugadores que no sienten esa energía para jugar. Para mí, es muy importante que sientan ese deseo de jugar y de tener una buena preparación," dijo Alonso.
Alonso reveló que había hablado directamente con Fernández antes de tomar la decisión.
"Hablamos y decidimos que era mejor no ser parte de la plantilla. Es un jugador de primer nivel," dijo.
Fuentes del Chelsea mantuvieron el jueves por la noche que no se había recibido ningún acercamiento formal de City a pesar de la creciente especulación, incluso cuando la omisión de Fernández avivó los rumores de que las conversaciones entre clubes ya estaban en marcha.
Al ser preguntado si el Chelsea necesitaría encontrar un reemplazo en caso de que Fernández se fuera, Alonso se negó a entrar en hipótesis con días aún por delante antes de la fecha límite.
"Lo siento, pero no soy el que habla demasiado pronto. Veremos qué pasa. Queremos estar siempre listos," dijo. "Estamos bastante cerca del plan que teníamos. Veremos dónde terminamos, si se ejecuta completamente o hay cosas que aún quedan por hacer o cosas que no pudimos hacer.
"Pero en general el balance de lo que tenemos va a ser bueno. Tenemos que ver cómo se desarrollan los últimos días. El equipo se está uniendo."