El internacional camerunés fue forzado a salir poco después del intervalo en Old Trafford, habiendo comenzado junto a Kobbie Mainoo en el mediocampo por primera vez.
Baleba había avanzado rápidamente al inicio de la segunda mitad y parecía preparado para crear una oportunidad peligrosa cuando de repente se detuvo con molestias. No pudo continuar, siendo reemplazado por Youri Tielemans.
Carrick confirmó después del partido que el problema era en el tendón de la corva de Baleba, aunque el club necesitaría realizar más evaluaciones antes de establecer la gravedad.
"No tengo más noticias sobre Carlos en este momento, pero es su tendón de la corva," dijo el entrenador de United.
"Tendremos que evaluar cómo se ve eso, pero, inicialmente, no se ve bien."
La lesión llegó en un momento difícil para United, que se fue al medio tiempo perdiendo 2-0 tras los goles de Matías Soulé y Donyell Malen. Bruno Fernandes convirtió un penalti antes de que Matheus Cunha anotara dos veces para completar una remontada notable.
Tielemans hizo una contribución positiva tras reemplazar a Baleba, ganando elogios de Carrick por la forma en que manejó las circunstancias.
"Pensé que Youri entró en el juego y mostró de qué se trata, su personalidad y carácter al integrarse al equipo," dijo Carrick.
"Es un gran ser humano, me encanta tenerlo cerca por todo lo que aporta."
La actuación del belga podría fortalecer su caso para un lugar de titular cuando Manchester United se enfrente a Aston Villa en Old Trafford el domingo.
La ausencia de Baleba sería un revés para Carrick, especialmente después de que el mediocampista había sido emparejado con Mainoo desde el inicio por primera vez. United ahora esperará los resultados de más exámenes antes de saber si estará disponible para los próximos partidos.