Die Warnung kommt, nachdem die Premier League City in fast allen der 115 Anklagen, die gegen den Klub wegen angeblicher finanzieller Verstöße erhoben wurden, für schuldig befunden hat.
Die Telegraph berichtet, dass emiratische Beamte die Regierung gewarnt haben, dass Milliarden von Pfund potenzieller zukünftiger Investitionen aufgrund des Urteils jetzt zurückgezogen werden könnten.
Zu den potenziell betroffenen Projekten gehört der vorgeschlagene Technologie-Korridor Oxford-Cambridge, für den Minister private Investitionen suchen, um ihn als wichtigen Technologie- und Lebenswissenschafts-Hub im Vereinigten Königreich zu entwickeln.
Die Regierung hat 500 Millionen Pfund für das Projekt zugesagt, sucht jedoch rund 10 Milliarden Pfund an privaten Investitionen, wobei Abu Dhabi als wichtige potenzielle Quelle angesehen wird.
Der Streit hat auch Fragen zur Beziehung zwischen dem Vorsitzenden von Manchester City, Khaldoon Al Mubarak, und hochrangigen britischen Ministern aufgeworfen.
Al Mubarak traf sich zwei Wochen vor der Bekanntgabe des Urteils gegen City mit dem Wirtschaftsminister Jonathan Reynolds in der Downing Street. Das Ministerium für Wirtschaft und Handel erklärte, dass sich das Treffen auf Handel, Verteidigung und Sicherheit konzentrierte und nicht auf den Fußballverein.
Zu diesem Zeitpunkt wusste Al Mubarak bereits, dass City für schuldig befunden worden war, obwohl die Einzelheiten der Entscheidung noch nicht öffentlich gemacht worden waren.
Die Bedenken der VAE gehen über die spezifischen Investitionsprojekte hinaus. Bloomberg berichtete, dass Beamte der Meinung waren, dass die Maßnahmen der Premier League die breitere Beziehung zwischen den VAE und dem Vereinigten Königreich beeinflussen könnten.
Die Situation hat auch Andy Burnham unter die Lupe genommen, nachdem der ehemalige Bürgermeister von Greater Manchester gesagt hatte, er wäre "wirklich besorgt", wenn die Eigentümer von City entscheiden würden, den Klub zu verkaufen.
"Sie waren ein so großer Partner beim Aufbau des modernen Manchester", sagte Burnham. "Offensichtlich beim Aufbau von Manchester City zu der globalen Kraft, die es ist."
Die Downing Street betonte anschließend, dass niemand über den Regeln stehen könne, nachdem Burnhams Kommentare gemacht wurden.
"Das ursprüngliche Urteil [gegen City] ist ernst und es kann keinen Hinweis darauf geben, dass jemand über den Regeln steht", sagte die Downing Street.
Manchester City hat die Ergebnisse der Premier League zurückgewiesen und erklärt, dass sie gegen das Urteil Berufung einlegen werden.
Die Premier League befand den Klub für schuldig, was sie als "Scheinverträge" bezeichnete, und dass er seine finanziellen Ergebnisse um mehr als 900 Millionen Pfund künstlich aufgebläht hat, um die Ausgabenregeln zu umgehen, so der bereitgestellte Bericht.
Der Fall könnte daher Konsequenzen haben, die über den Fußball hinausgehen, da das Urteil jetzt mit den Bemühungen des Vereinigten Königreichs verbunden wird, bedeutende Investitionen aus den VAE zu sichern.
Für die Regierung besteht die unmittelbare Herausforderung darin, die Beziehung zu Abu Dhabi aufrechtzuerhalten, während der disziplinarische Prozess der Fußballbehörden unabhängig fortgesetzt wird.