Der 26-jährige Verteidiger war am Sonntag am 2:1-Sieg der Niederlande in der Nations League gegen Serbien beteiligt, kann nun jedoch nicht mehr mit der Nationalmannschaft weitermachen.
Der niederländische Verband bestätigte am Mittwoch, dass Van Hecke den Kader verlassen hatte und zu seinem Verein zur Behandlung zurückkehren würde.
Van Hecke hatte beide Nations-League-Spiele der Niederlande während des internationalen Fensters begonnen und spielte die vollen 90 Minuten gegen Deutschland, bevor er auch den Sieg in Serbien vollendete.
Die Verletzung kommt daher zu einem ungünstigen Zeitpunkt für Tottenham, die den Innenverteidiger im Sommer von Brighton verpflichtet hatten.
Van Hecke war einer der ersten großen Neuzugänge von Roberto De Zerbis Amtszeit im Norden Londons, nachdem er zuvor mit dem Tottenham-Trainer bei Brighton zusammengearbeitet hatte.
Tottenham gab die Verpflichtung im Juni bekannt, wobei Sportdirektor Johan Lange Van Hecke als einen Verteidiger beschrieb, den der Verein seit mehreren Jahren beobachtet hatte.
Der Innenverteidiger hatte sich bei Brighton etabliert, bevor er zu den Spurs wechselte, und war auch ein regelmäßiges Mitglied des niederländischen Kaders geworden.
Sein Rückzug bedeutet, dass Tottenham nun das Ausmaß der Verletzung bewerten wird, bevor entschieden wird, wann er zum Vereinsgeschehen zurückkehren kann.
Der niederländische Verband hat nicht angedeutet, dass ein Ersatzspieler in den Kader berufen wird.
Van Hecke's Abgang ist auch ein Rückschlag für die Niederlande, die in ihrem ersten internationalen Fenster unter dem neuen Cheftrainer Xavi Hernández arbeiten.
Er hatte eine volle Rolle in den Eröffnungsspielen der Mannschaft gespielt und half ihnen, 1:1 gegen Deutschland zu spielen, bevor er den Sieg über Serbien begann.
Die Niederlande sicherten sich einen 2:1-Sieg in Belgrad durch zwei Tore von Mexx Meerdink, wobei Van Hecke das Spiel als Innenverteidiger beendete.
Er ist nun nach London zurückgekehrt, anstatt mit der Nationalmannschaft für die nächsten Spiele zu bleiben.
Für Tottenham wird der Zeitpunkt genau beobachtet. Van Hecke ist nach seiner Ankunft im Sommer schnell Teil der Defensivpläne des Vereins geworden, während die Länderspielpause bereits erhebliche Anforderungen an den Kader gestellt hatte.
Die Priorität liegt nun darin, die Schwere des Problems zu bestimmen und wie lange der Verteidiger nicht verfügbar sein wird.
Die Niederlande haben noch nicht bestätigt, ob ein anderer Spieler zum Kader hinzugefügt wird, um ihn zu ersetzen.