Die Mannschaft von Quique Sánchez Flores traf kurz vor der Halbzeitpause im Konter, Antonio Blanco wechselte das Spiel zu Ángel Pérez, der für Boyé auflegte, der nur noch einschieben musste.
Es war das einzige Tor, Alavés überstand ein dramatisches Finish - einschließlich einer Spielsituation, in der der Ball dreimal an die Pfosten prallte - um den dritten ungeschlagenen Start in Folge zu sichern und an die Spitze der Tabelle zu klettern.
Sánchez Flores war mit der Intensität seiner Mannschaft gegen ein Villarreal-Team, das er hoch einschätzt, sehr zufrieden.
"Von der ersten Minute an war es ein sehr intensives Spiel. Wir haben eine wirklich gute Mannschaft mit außergewöhnlicher individueller Qualität besiegt - es ist sehr schwierig, ihnen den Ball abzunehmen. Wir waren sehr intensiv, und wo auch immer der Ball war, hatten wir viele Beine dort," sagte er.
"Es ist fantastisch und wunderbar. Es ist ein historischer Start nach langer Zeit. Das bedeutet, dass die Fans, für die wir spielen, etwas haben, das sie seit Jahren nicht mehr gefühlt haben."
Er lobte auch seine Optionen im Mittelfeld: "Die überwiegende Mehrheit der Spiele wird im Mittelfeld entschieden, und dort sind wir sehr gut. Heute spielten Protesoni, Denis, Antonio, Mikel und Pablo."
Sánchez Flores lobte Boyés kämpferische Leistung, obwohl der Stürmer mit einem Adduktorenproblem, das er während des Spiels sorgfältig managte, ausgewechselt wurde.
"Lucas war sensationell. Er hat eine Leistenverletzung und wir mussten seine Minuten sorgfältig managen. Heute musste er mehr spielen als geplant, aber er spielt sehr schwierige Spiele, weil er viele Fouls zieht," sagte der Trainer.
Für Villarreal-Chef Iñigo Pérez, der immer noch auf seinen ersten Sieg wartet, war es eine schmerzhafte Niederlage.
"Jede Niederlage ist schmerzhaft. Wir waren auf einem aufsteigenden Ast, mit Ideen, die zu greifen begannen. Heute waren wir zeitweise auf dem richtigen Weg - wir haben Chancen kreiert und sie nicht genutzt. Aber der Fokus sollte nicht darauf liegen, was sich festigt, sondern darauf, was uns kostet," sagte er.
Er wies auf eine Tendenz hin, defensiv abzuschalten, wenn seine neuen Ideen im Ballbesitz gut funktionieren: "Wenn es gut läuft, kann man sich verlieben, und wenn man in die Defensive umschalten muss, gibt es ein wenig Trägheit. Das ist uns in Santander passiert, das Metropolitano war ein anderes Spiel. Wir müssen bestimmte Situationen besser verteidigen."
Pérez verwendete einen Moment, als der Ball dreimal hintereinander an den Pfosten schlug, als Metapher für den Saisonstart seiner Mannschaft.
"Ich hatte noch nie einen Dreifachpfosten gesehen. Ich dachte, er geht rein. Es ist ein gutes Beispiel dafür, was uns passiert. Wir verdienen es, wir spielen gut, und die Einstellung ist gut," sagte er. "Der Prozess läuft gut, ich bin mit der Arbeit zufrieden, nur nicht mit den Punkten, die wir haben," fügte er hinzu und betonte, dass er sich nie um seinen Job sorgt und dass seine Verantwortung gegenüber dem Verein tiefer geht als jede Sorge um Ergebnisse.