Die Assistenztrainer Tom Cichon und Patrick Kohlmann haben den Verein ebenfalls verlassen, während Werners Abgang am Mittwoch bestätigt wurde.
Sportdirektor Marcel Schafer sagte, die Entscheidung folgte einer gründlichen Überprüfung der Saison.
"Wir haben die letzten Tage damit verbracht, eine gründliche Abschlussbewertung der vergangenen Saison durchzuführen", sagte Schafer. "Am Dienstagabend haben wir entschieden, dass ein Wechsel des Cheftrainers notwendig ist."
Schafer dankte Werner und seinem Team für ihren Beitrag zum Wiederaufbau von Leipzig.
"Wir möchten Ole, Tom und Patrick für ihre harte Arbeit und ihr Engagement bei RB Leipzig danken", sagte er. "Sie haben eine wichtige Rolle in unserem erfolgreichen Wiederaufbau und in der Qualifikation für die Champions League gespielt. Dennoch glauben wir, dass die bevorstehenden Herausforderungen neue Ideen und einen anderen Ansatz erfordern."
Jan Zimmermann, ein weiterer Assistent unter Werner, bleibt vorerst beim Verein, während RB Leipzig noch bestätigen muss, ob er unter einem neuen Cheftrainer bleibt.
Jurgen Klopp, der globale Fußballchef von Red Bull, sprach in einem Interview über die Entscheidung. Magenta TV, wo er als WM-Experte arbeitet.
"Wir handeln in beratender Funktion als das Global Team", sagte Klopp. "Das bedeutet, dass wir am Entscheidungsprozess beteiligt waren. Wir haben die Saison analysiert - Ole hat großartige Arbeit geleistet, wir haben uns für die Champions League qualifiziert. Aber gleichzeitig müssen wir auch nach vorne schauen."
Werners Entlassung, zusammen mit der seines Trainerstabs, soll RB Leipzig etwa 3,5 Millionen Euro kosten, da der 38-Jährige noch ein Jahr auf seinem Vertrag hatte.
Martin Demichelis, derzeit Cheftrainer bei RCD Mallorca, ist der führende Kandidat, um Werner zu ersetzen, wobei Berichte aus Deutschland und Spanien darauf hindeuten, dass Leipzig eine Ausstiegsklausel in Höhe von 2,5 Millionen Euro in seinem Vertrag auslösen wird.
Der Sky-Journalist Florian Plettenberg hat berichtet, dass Demichelis nun als Werners Nachfolger bestätigt werden soll.
Klopp wollte sich bei Fragen zu Demichelis nicht zu den Einzelheiten äußern.
"Ich kann dazu im Moment wirklich nichts sagen", sagte er. "Ich beteilige mich nicht an Spekulationen."
Werner hatte Leipzig trotz einer umfassenden Kaderumstellung zurück in die Champions League geführt, bei der Xavi Simons, Lois Openda und Benjamin Sesko den Verein im letzten Sommer verlassen hatten.