Eine unabhängige Kommission hat City für schuldig befunden, gegen die finanziellen Vorschriften der Premier League zwischen den Saisons 2009-10 und 2017-18 verstoßen zu haben.
Die Premier League sagte, die Kommission habe festgestellt, dass der Klub "Schein"-Geschäftsabschlüsse mit einer Reihe von Sponsoren im Rahmen eines verschleierten Finanzierungsschemas arrangiert habe.
Manchester City hat die Feststellungen zurückgewiesen und erklärt, dass sie beabsichtigen, Berufung einzulegen, und argumentiert, dass die Meinung der Kommission materielle Fehler in Recht, Prinzip und Tatsache enthält.
Burnham sagte, der Klub sollte die Möglichkeit haben, die Entscheidung im Rahmen des verfügbaren Verfahrens anzufechten.
"Ich denke, es ist nur richtig zu sagen, dass es immer noch umstritten ist," sagte er.
"Die Premier League erklärte (Everton) für schuldig und ich habe das nie akzeptiert, und daher wäre es etwas falsch von mir, über einen anderen Fußballclub zu urteilen."
"Aber das sind sehr ernsthafte Anschuldigungen, verstehen Sie mich nicht falsch."
Burnham hat zuvor im Namen von Everton, seinem eigenen Klub, nach der Punkteabzug, der wegen Verstößen gegen die finanziellen Regeln verhängt wurde, kampagniert.
Er sagte, dass diese Erfahrung ein Grund dafür war, dass er kein sofortiges Urteil über den Fall von City fällen wollte.
"Ich erinnere mich, dass die Leute zu der Zeit Everton für schuldig erklärten," sagte Burnham.
"Und mit dem Rückblick denke ich, dass mehr Leute sagen würden, dass das nicht fair war, wie das gehandhabt wurde. Es wäre also falsch von mir, auf eine Seite zu springen, angesichts der Erfahrung, die ich gemacht habe, bevor ich Premierminister wurde."
Der Premierminister verteidigte auch seine Bilanz im Umgang mit Manchester City während seiner Amtszeit als Bürgermeister von Greater Manchester.
Burnham hat die Investitionen der City Football Group und des breiteren Eigentums des Klubs in der Umgebung des Etihad-Stadions und in ganz Manchester gelobt.
Auf die Frage, ob diese Geschäfte einer Überprüfung standhalten würden, sagte er: "Oh ja, ich danke tatsächlich der City Football Group und dem breiteren Eigentum für das Geld, das sie nicht nur in den Etihad und den Campus darum herum, sondern auch in die Stadt investiert haben, aber ja, natürlich."
Er sagte auch, dass er besorgt wäre, wenn die Eigentümer von City letztendlich entscheiden würden, den Klub zu verkaufen.
"Ich wäre wirklich besorgt, sie zu verlieren," sagte Burnham.
"Sie waren ein so großer Partner beim Aufbau des modernen Manchester."
"Offensichtlich beim Aufbau von Manchester City zu der globalen Kraft, die es ist."
Burnham betonte jedoch, dass er Abstand vom rechtlichen und disziplinarischen Prozess wahren würde.
"Ich werde mich nicht direkt in den Prozess einmischen. Ich habe mit niemandem direkt darüber gesprochen," sagte er.
"Ich muss Abstand davon halten. Es wäre falsch von mir, etwas anderes zu tun. Es ist ein unabhängiger rechtlicher Prozess, der seinen Lauf nehmen muss."
Burnham wurde auch gefragt, ob er glaube, dass Manchester City mit einem Abstieg rechnen müsse, lehnte es jedoch ab, eine Meinung dazu abzugeben.
"Es steht viel auf dem Spiel. Lassen Sie uns ehrlich darüber sein, für den Fußballclub, für die City-Anhänger, für die Stadt Manchester," sagte er.
Die Premier League hat gesagt, dass die Frage der Sanktionen separat behandelt wird, nachdem die Kommission schuldig befunden hat.
Manchester City wird voraussichtlich gegen das Urteil Berufung einlegen, was bedeutet, dass der disziplinarische Prozess weiterhin läuft.
Daher konzentrieren sich Burnhams Kommentare auf die Notwendigkeit, dass der Berufungsprozess seinen Lauf nimmt, bevor endgültige Schlussfolgerungen über die Zukunft des Klubs gezogen werden.