Ipswich Town führte nach 29 Minuten durch Leif Davis, nachdem Abdul Fatawu Luke Shaw ausgetanzt hatte, aber Manchester United glich kurz vor der Pause aus, als Fernandes eine chaotische Aktion nach einem Ausrutscher von Darwin Núñez abschloss.
Der Kapitän verwandelte dann ein umstrittenes zweites Tor - der Schuss von Harry Maguire wurde von Jacob Greaves abgefälscht trotz eines Handspiel-Appells - bevor er einen Elfmeter und ein drittes Tor hinzufügte, während Bryan Mbeumo das fünfte Tor erzielte. Ersatzspieler Chuba Akpom erzielte in der Nachspielzeit einen Treffer, aber das änderte kaum etwas am Ergebnis.
Michael Carrick lobte, wie sein Team reagierte, nachdem es in Rückstand geraten war.
"Es war ein guter Sieg. Es war am Ende ein wirklich guter Sieg. Wir haben wirklich guten Fußball gespielt. Das Wichtigste heute war die Mentalität der Jungs, Rückschläge zu überwinden," sagte er. "Wir haben das Spiel größtenteils gut kontrolliert. Die Jungs haben das wirklich gut angenommen und wir waren fabelhaft."
Zu Fernandes, in derselben Woche, in der er den PFA Spieler des Jahres Award erhielt, fügte Carrick hinzu:
"Er hat heute seine Qualität gezeigt. Bruno hat das gemacht, was er gut kann. Er hatte eine große Woche mit dem Gewinn von Auszeichnungen. Drei Tore und eine fantastische Leistung. Es geht um die gesamte Mentalität, damit umzugehen und einander zu vertrauen.
"Letzte Woche lief es nicht für uns und das akzeptieren wir. Heute war es viel besser."
Zum Geschäft im Sommer sagte Carrick: "Ich denke, wir haben fantastisches Geschäft gemacht und das sehr gut mit dem Geld, das wir ausgegeben haben. Der Teamgeist ist gut und sie wollen füreinander kämpfen."
Ipswich-Trainer Gary O'Neil war der Meinung, dass der Zusammenbruch seiner Mannschaft von einer grausamen Phase vor und nach der Halbzeit abhängt.
"Wenn man sich die letzte halbe Stunde ansieht, hat Man Utd viele Chancen kreiert. Der Ausrutscher für das Tor war unglücklich, wir hatten die Kontrolle und verloren unseren Stürmer zur Halbzeit. Dann eine massive Ablenkung und Handspiel. Man findet sich mit 2-1 im Rückstand wieder," sagte O'Neil.
"Das dritte Tor war ein schlechtes Herauslaufen. Ich bin stolz auf die Spieler, dass sie weitergemacht haben und am Ende ein Tor erzielt haben. Es ist eine Niederlage im Old Trafford für eine neu aufgestiegene Mannschaft."
Zum Thema des aberkannten Handspiels fügte er hinzu: "Es fühlt sich nicht wie ein Tor an. Es fühlt sich an, als sollte es annulliert werden, aber wir akzeptieren, dass es nicht so ist und das ist die Regel."
Fernandes reflektierte über eine turbulente Woche, die stilvoll endete.
"Wir hatten das Spiel unter Kontrolle und haben dann das Tor kassiert, danach ein wenig die Kontrolle verloren, aber dann sind wir zurück ins Spiel gekommen, haben kurz vor der Halbzeit getroffen und in der zweiten Halbzeit waren wir brillant," sagte er.
"Es ist eine große Auszeichnung für mich, aber es ist zusammen mit dem Team, denn ich könnte das alles nicht ohne ihre Hilfe tun. Es gibt bestimmte Tage, an denen man es spürt. Es ist einer dieser Tage, an denen alles zu einem kommt und man es nutzen muss."