Der 31-Jährige fehlte, als Everton Newcastle im Hill Dickinson Stadium zum vierten Runde-Spiel empfing, wobei der Verein bestätigte, dass seine Abwesenheit disziplinarisch und nicht verletzungsbedingt war.
David Moyes' Mannschaft erreichte mit einem 3:1-Sieg die Viertelfinals, doch die Umstände rund um Grealishs Abwesenheit werfen Fragen zu seiner unmittelbaren Zukunft im Verein auf.
Everton gab die Entscheidung vor dem Anpfiff über ihre offiziellen Teamnachrichten bekannt.
"Jarrad Branthwaite bleibt aufgrund von Protokollen zur Gehirnerschütterung für ein zweites aufeinanderfolgendes Spiel ausgeschlossen, während Jack Grealish aufgrund eines Verstoßes gegen die Vereinsdisziplin nicht zur Auswahl steht," erklärte der Verein.
Berichten zufolge hat Grealish am Montag ohne Genehmigung das Training versäumt.
Der englische Nationalspieler hatte Evertons vorheriges Premier-League-Spiel gegen Arsenal aufgrund von Krankheit verpasst, wobei die Toffees im Emirates Stadium mit 0:2 verloren.
Er kehrte anschließend ins Training im Club-Komplex Finch Farm zurück, doch seine unbefugte Abwesenheit führte zu disziplinarischen Maßnahmen und der Aussicht auf eine finanzielle Strafe.
Der Vorfall ist besonders unglücklich für Grealish, da Moyes großen Wert auf seine Erfahrung und Führungskompetenz gelegt hat, seit er ihn zurück nach Merseyside geholt hat.
Der Flügelspieler hatte in der letzten Saison eine produktive Leihzeit bei Everton, in der er in 20 Einsätzen zwei Tore und sechs Vorlagen erzielte, bevor eine Fußverletzung seine Saison vorzeitig beendete.
Manchester City stimmte anschließend einem weiteren einjährigen Leihgeschäft zu, was Grealish die Möglichkeit gab, seine Fitness wieder aufzubauen und die Form zurückzugewinnen, die ihn zu einem der einflussreichsten offensiven Spieler im englischen Fußball machte.
Moyes hat wiederholt betont, dass er mehr als individuelle Leistungen von dem ehemaligen Aston Villa-Mittelfeldspieler erwartet.
In einer früheren Saison erklärte der Everton-Trainer, dass Grealish die Verantwortung habe, eine führende Figur innerhalb eines sich entwickelnden Kaders zu werden.
"Ich denke, Jack weiß jetzt, was ich erwarte. Wir hatten viele Gespräche im letzten Jahr. Er weiß, dass es hier eine Möglichkeit für ihn gibt, zu spielen und zu zeigen, was er kann.
"Aber ich möchte auch, dass er ein erfahrener Profi und ein Vorbild ist. Wir haben Tyrique und Tyler, und wenn du jemals jemanden suchst, wie man als Flügelspieler spielt, wäre Jack Grealish sicherlich einer von ihnen.
"Ich denke, beide könnten von Jack eine Menge lernen, und ich möchte, dass er der erfahrene Spieler unter ihnen wird, jemand, der sie unterrichtet."
Moyes bezog sich auf die jungen Offensivspieler Tyrique George und Tyler Dibling, wobei der Trainer darauf bedacht ist, dass Grealish seine Erfahrung nutzt, um deren Entwicklung zu unterstützen.
Er ist auch der Meinung, dass der Flügelspieler die Persönlichkeit hat, um mit den Erwartungen umzugehen, die mit der Rolle eines der bekanntesten Spieler von Everton verbunden sind.
"Wenn es eine Person gibt, die diesen [Druck] tragen könnte, dann wäre es Jack, nur wegen der Art, wie er ist. Er wird es leicht finden, Erwartungen zu tragen, und er wird glücklich sein, dies zu tun. Das ist sein Charakter," sagte Moyes.
Der Trainer erkannte auch an, dass die Anhänger erwarten, dass Grealish in seiner zweiten Saison im Verein zu seinem besten Fußball zurückfindet.
"Ich denke, das ist der Fall [dass es in der zweiten Saison mehr Erwartungen gibt], weil jeder möchte, dass Jack dorthin zurückkommt, wo er war. Seine ersten drei Monate bei uns in der letzten Saison waren enorm wichtig, um uns Siege zu sichern, also geht es jetzt darum, ihn wieder in die Lage zu versetzen, auf diesem Niveau zu spielen."
Moyes hob zuvor die physischen Schwierigkeiten hervor, mit denen Grealish nach seiner langen Abwesenheit konfrontiert war, und erklärte, dass der Spieler sechs Monate und eineinhalb Monate verletzt war und keine vollständige Vorbereitung genossen hatte.
Er deutete auch an, dass regelmäßige Spiele besonders wichtig wären, um dem Flügelspieler zu helfen, seine Schärfe zurückzugewinnen.
Grealish hatte in dieser Saison vor dem Newcastle-Spiel sechs Einsätze für Everton absolviert, nachdem er nach seiner Abwesenheit gegen Arsenal zurückgekehrt war.
Der disziplinarische Vorfall stellt nun eine unerwünschte Komplikation für einen Spieler dar, der konstanten Fußball benötigt, um sein Selbstvertrauen und seine Fitness wieder aufzubauen.
Für Moyes ist die Botschaft jedoch klar: Grealishs Erfahrung und Ruf bringen Verantwortung mit sich, und seine Position im Kader hängt davon ab, die Standards zu erfüllen, die von einem erfahrenen Profi erwartet werden.