Der 41-jährige Al-Nassr-Stürmer traf sich am Mittwoch mit Jesus, um die Situation zu klären, nachdem er im Nations-League-Sieg auf der Bank gelassen wurde.
Ronaldo gab anschließend bekannt, dass er beschlossen habe, die Nationalmannschaft zu verlassen.
"Nach der Pressekonferenz der Nationalmannschaft und nach einem Gespräch mit dem Präsidenten des Portugiesischen Fußballverbands habe ich beschlossen, die Nationalmannschaft zu verlassen," schrieb er auf Instagram.
"Zu gegebener Zeit werde ich allen Portugiesen die Wahrheit über die Gründe mitteilen, die mich dazu motiviert haben, die Nationalmannschaft zu verlassen, der ich mich immer gewidmet habe.
"Jetzt ist es an der Zeit, Portugal und all meinen Mitspielern viel Glück zu wünschen, ohne Ausnahme."
Die Entscheidung kam kurz, nachdem Jesus die Situation in seiner eigenen Pressekonferenz angesprochen hatte.
Der Trainer von Portugal sagte, es habe keinen größeren Vorfall zwischen ihm und Ronaldo gegeben, obwohl er zugab, dass der Stürmer unglücklich war, nachdem er das Spiel gegen Norwegen auf der Bank verbracht hatte.
"Es gab überhaupt keinen Vorfall," sagte Jesus.
"Jeder Spieler - und ich war selbst ein Spieler - wenn man 20 oder 30 Minuten aufwärmt und dann nicht eingewechselt wird, ist niemand darüber glücklich."
Jesus erklärte, dass er ursprünglich beabsichtigt hatte, Ronaldo als Ersatzspieler einzusetzen, sich aber letztendlich gegen einen Einsatz entschieden habe.
"Danach habe ich als Trainer entschieden, ihn nicht einzuwechseln. Es ist nichts, worüber man Aufhebens machen sollte," sagte er.
Er bestand auch darauf, dass Ronaldos Status seine Entscheidungen nicht beeinflussen würde.
"So wie ich das Spiel (gegen Norwegen) gelesen habe, kam er nicht zum Einsatz," sagte Jesus.
"Weil es nicht Cristiano ist, genau wie es niemals ein Spieler sein wird, der meine Ideen als Trainer ändert. Nie! Nicht er, niemand im Fußball. Nicht er, kein Präsident. Nie! Null!"
Goncalo Ramos begann gegen Norwegen und erzielte das entscheidende Tor, wobei Jesus anschließend andeutete, dass der AC Milan-Stürmer auch im nächsten Spiel gegen Dänemark beginnen würde.
Ronaldos Abgang wirft neue Fragen über die Zukunft seiner internationalen Karriere auf.
Er hatte erst kürzlich über seinen Wunsch gesprochen, Portugal weiterhin zu vertreten, und gesagt, dass er immer noch glaube, der Nationalmannschaft helfen zu können und dass er aufhören würde, wenn er das Gefühl habe, nicht mehr beitragen zu können.
"Ich glaube immer noch, dass ich der Nationalmannschaft helfen kann, das zu erreichen, was sie wollen, und werde aufhören, wenn ich das Gefühl habe, hier nichts mehr zu tun," sagte Ronaldo zuvor.
"Ich denke, ich kann der Nationalmannschaft meine Unterstützung geben, nicht nur durch die Tore, sondern auch außerhalb des Fußballs."
Ronaldo hat 234 Länderspiele für Portugal absolviert und 146 internationale Tore erzielt.
Seine jüngste Entscheidung kommt, nachdem seine Beziehung zu Jesus nur wenige Monate nach der Übernahme des Trainers der Nationalmannschaft unter die Lupe genommen wurde.
Jesus hat betont, dass seine Entscheidung, Ronaldo gegen Norwegen nicht von der Bank aus einzusetzen, rein taktisch war.
Ronaldo hat jedoch gesagt, dass er letztendlich die Gründe für seine Entscheidung, die Nationalmannschaft zu verlassen, erklären werde.