Der Mittelfeldspieler wurde zur Halbzeit beim Champions-League-Spiel am Dienstag gegen Aston Villa ausgewechselt, nachdem er Beschwerden in seinem rechten Bein verspürt hatte. Tests, die am Mittwoch durchgeführt wurden, bestätigten eine kleine Verletzung des Bizeps femoris, die ihn für die Reise zum Metropolitano ausschließt.
Der Verein hat kein konkretes Datum für die Genesung angegeben, da seine Rückkehr von der Entwicklung der Verletzung abhängt.
"Rodrigo Hernández hat nach den Muskelbeschwerden, die er während des gestrigen Spiels gegen Aston Villa verspürt hat, medizinische Tests durchlaufen", sagte Barcelona in einer Erklärung.
"Die Tests bestätigen, dass er eine leichte Verletzung des Bizeps femoris in seinem rechten Bein erlitten hat. Er wird das Spiel am kommenden Sonntag gegen Atletico Madrid verpassen. Die genaue Genesungszeit hängt von der Entwicklung der Verletzung ab."
Hansi Flick hatte nach dem Spiel gegen Aston Villa angedeutet, dass das Problem zunächst nicht ernst zu sein schien.
"Ich habe Rodri ausgewechselt, weil er ein wenig Beschwerden hatte", erklärte der Trainer von Barcelona.
Die Verletzung beendet eine lange Serie von Einsätzen für den 30-Jährigen, der am 27. August sein Debüt für Barcelona gegen Athletic Club gab. Seitdem hat er in allen Spielen des Vereins in LaLiga und der Champions League mitgewirkt und insgesamt 945 Minuten in 14 Einsätzen gesammelt.
Rodri hat 11 dieser Spiele begonnen und ist ein wichtiger Teil von Flicks Mittelfeldpartnerschaft mit Pedri geworden. Seine Fähigkeit, den Ball zu erobern, das Tempo zu kontrollieren und das Spiel zu diktieren, hat ihn zu einer regelmäßigen Auswahl gemacht, wobei der Trainer nur begrenzte Möglichkeiten hatte, ihn auszuruhen.
Sein Fehlen gegen Atletico ist daher ein erheblicher Rückschlag, während das Timing auch Zweifel an seiner Verfügbarkeit für Barcelonas erste Spiele nach der Länderspielpause aufwirft.
Der Verein hat bereits mehrere Spieler, die außerhalb der Hauptgruppe trainieren, darunter Roony Bardghji, Andreas Christensen, Dani Olmo, Eric García, Jules Koundé und Xavi Espart.
Barcelona wird nun Rodris Genesung überwachen, bevor entschieden wird, wann er wieder ins Spielgeschehen zurückkehren kann.