Os assistentes técnicos Tom Cichon e Patrick Kohlmann também deixaram o clube, com a saída de Werner confirmada na quarta-feira.
O diretor esportivo Marcel Schafer disse que a decisão seguiu uma revisão minuciosa da temporada.
"Passamos os últimos dias realizando uma revisão final minuciosa da temporada recente," disse Schafer. "Na noite de terça-feira, decidimos que uma mudança de treinador era necessária."
Schafer agradeceu a Werner e sua equipe por sua parte na reconstrução do Leipzig.
"Queremos agradecer a Ole, Tom e Patrick por todo o seu trabalho árduo e compromisso no RB Leipzig," disse ele. "Eles desempenharam um papel importante em nossa bem-sucedida reconstrução e na qualificação para a Liga dos Campeões. Mesmo assim, acreditamos que os desafios à frente exigem novas ideias e uma abordagem diferente."
Jan Zimmermann, outro assistente sob Werner, permanece com o clube por enquanto, com o RB Leipzig ainda não confirmando se ele ficará sob um novo treinador.
Jurgen Klopp, chefe de futebol global da Red Bull, abordou a decisão em uma entrevista com Magenta TV, onde ele está trabalhando como comentarista da Copa do Mundo.
"Nós atuamos em uma capacidade consultiva como a Equipe Global," disse Klopp. "Isso significa que estivemos envolvidos no processo de tomada de decisão. Analisamos a temporada -- Ole fez um ótimo trabalho, nos qualificamos para a Liga dos Campeões. Mas ao mesmo tempo, também precisamos olhar para o futuro."
A demissão de Werner, junto com a de sua equipe técnica, deve custar ao RB Leipzig cerca de €3,5 milhões, com o treinador de 38 anos tendo um ano restante em seu contrato.
Martin Demichelis, atualmente treinador do RCD Mallorca, é o principal candidato para substituir Werner, com relatos na Alemanha e na Espanha indicando que o Leipzig está prestes a acionar uma cláusula de rescisão de €2,5 milhões em seu contrato.
O jornalista da Sky Florian Plettenberg relatou que Demichelis agora é esperado para ser confirmado como sucessor de Werner.
Klopp se recusou a comentar os detalhes quando questionado sobre Demichelis.
"Eu realmente não posso dizer nada sobre isso agora," disse ele. "Não me envolvo em especulações."
Werner havia levado o Leipzig de volta à Liga dos Campeões apesar de uma grande reformulação do elenco que viu Xavi Simons, Lois Openda e Benjamin Sesko deixarem o clube no verão passado.