De acordo com vários relatos da mídia alemã, o ex-defensor do Bayern de Munique, Martin Demichelis, 45, é o principal candidato para substituí-lo.
Werner, 38, assumiu o comando do Leipzig no verão passado com um contrato válido até 2027, chegando do Werder Bremen após guiá-los em 128 partidas.
Ele levou o RB Leipzig ao terceiro lugar na Bundesliga nesta temporada, terminando com 65 pontos, apenas dois a menos do que o próprio recorde do clube.
Esse resultado garantiu a qualificação para a Liga dos Campeões na próxima temporada.
Apesar desses resultados, relatos sugerem que houve insatisfação interna com o estilo de jogo de Werner e com a forma como a qualificação para a Liga dos Campeões foi alcançada de forma tão apertada.
De acordo com Sky Sport Alemanha, fontes apontam para descontentamento do presidente do conselho de supervisão, Oliver Mintzlaff, e do departamento de futebol global do clube, que inclui Jurgen Klopp e Mario Gomez.
Demichelis, que atualmente treina o RCD Mallorca, assumiu o comando do clube espanhol em fevereiro com um contrato válido até 2028.
Apesar desse contrato, relatos da Espanha sugerem que ele está pronto para deixar Mallorca pelo Leipzig, com o veículo espanhol Marca descrevendo a mudança como efetivamente acordada.
A emissora sul-americana BolaVip relatou que a Red Bull está disposta a pagar uma taxa de compensação de cerca de €3 milhões para garantir seus serviços.
Como jogador, Demichelis passou um tempo tanto no Manchester City quanto no Bayern de Munique durante uma carreira principalmente como zagueiro.
Werner não era a primeira escolha do Leipzig quando o nomearam no verão passado.
O clube havia tentado contratar Cesc Fabregas, que em vez disso permaneceu no Como e levou o clube italiano à Liga dos Campeões.
O diretor executivo do Leipzig, Marcel Schafer, havia indicado anteriormente uma disposição para discutir um novo contrato com Werner após a qualificação do clube para a Liga dos Campeões.
No entanto, no início de junho, ele começou a recuar publicamente, citando uma revisão de fim de temporada em andamento.
Essa revisão agora parece ter concluído, com relatos sugerindo um resultado desfavorável para Werner.
O Leipzig entra na nova temporada já tendo perdido jogadores-chave de ataque, com Xavi Simons, Loic Openda e Benjamin Sesko todos saindo no verão passado.
Uma mudança de treinador tão logo após a chegada de Werner marcaria mais um reinício para um clube que passou por vários técnicos nas últimas temporadas.
Para Demichelis, uma mudança para o Leipzig representaria um passo significativo em relação ao Mallorca e um retorno a uma das posições de treinador mais renomadas da Europa.
Nada ainda foi confirmado por nenhum dos clubes, mas o volume e a consistência dos relatos da Alemanha e da Espanha sugerem que um anúncio pode não estar longe.