Guimarães se juntou ao Arsenal em uma transferência de £75 milhões no início deste verão, após negociações prolongadas entre os dois clubes, durante as quais o Newcastle United rejeitou várias ofertas antes de finalmente concordar em vender o meio-campista brasileiro.
Ele era um favorito firme entre os torcedores em Tyneside, mas supostamente pressionou pela transferência assim que o interesse do Arsenal se tornou conhecido, fazendo com que o Newcastle relutantemente autorizasse sua saída.
"Não queríamos perder Bruno Guimarães. Isso foi realmente decepcionante, chegarmos a esse ponto no final, embora estivéssemos felizes com o que conseguimos em termos de números," disse Wilson à Sky Sports.
"Isso não fazia parte do nosso plano. Tudo o mais que aconteceu durante a janela fazia parte do plano."
O verão do Newcastle também viu Sandro Tonali deixar o clube para o Tottenham e Anthony Gordon partir, com os rendimentos de todas as três vendas reinvestidos em contratações, incluindo Sean Steur, Lukas Hornicek, Amad Dedic e Nico Gonzalez, enquanto o clube buscava reformular seu elenco enquanto equilibrava as contas.
A agitação foi agravada pela surpreendente saída de Eddie Howe em agosto, alimentando a percepção de fora do clube de que a janela havia se transformado em desordem, com o diretor esportivo agora encarregado de estabilizar a situação ao lado de um novo treinador.
Wilson se opôs firmemente a essa caracterização.
"Genuinamente, nunca pareceu caótico por dentro. Não há sentido em nós fingirmos o contrário," disse ele. "Isso não significa que cada jogador que assinou era o nome número um na nossa lista, mas isso nunca é o caso em qualquer janela de transferências. Claramente, ficamos decepcionados algumas vezes, mas, novamente, isso é normal.
"Nenhum clube entra na janela e chega ao final conseguindo todos os alvos que se propôs a conseguir. Se disserem que conseguiram, é uma mentira."
Ele acrescentou que o Newcastle considerou seus negócios para a temporada completos, embora não necessariamente finais, deixando a porta aberta para mais chegadas.
"Construímos um elenco para a temporada. Isso não significa que não possamos fazer mais alterações nele em janeiro."