Fernandez finalmente conseguiu o que queria na forma de uma transferência de £125 milhões no dia do prazo para o Manchester City, uma taxa que igualou o recorde de transferência britânico estabelecido pela contratação de Alexander Isak pelo Liverpool no verão anterior, após ter flertado anteriormente com uma transferência para o Real Madrid. O Chelsea esperou pelo valor máximo possível antes de autorizar a venda, mas o atraso os deixou sem um substituto no meio-campo após uma tentativa tardia de assinar com Lamine Camara, do Mônaco, que colapsou quando o clube francês desistiu do acordo, um desenvolvimento que, segundo relatos, deixou a hierarquia do Chelsea furiosa.
O vice-capitão Fernandez sentiu que não tinha mais um relacionamento com seus companheiros de equipe do Chelsea e apresentou não um, mas dois pedidos de transferência por escrito durante o verão em sua tentativa de forçar uma saída de Stamford Bridge.
Seu tempo em Londres oeste já havia sido turbulento muito antes disso. O clube o apoiou depois que ele foi filmado cantando um cântico racista sobre a seleção francesa, e continuou a lhe dar tempo de jogo na temporada passada, apesar do que foi amplamente visto como desrespeito público em relação ao clube. Em campo, no entanto, o Chelsea obteve um lucro saudável com o negócio, e Fernandez foi uma figura chave na equipe que venceu a Copa do Mundo de Clubes e a Liga Conferência como uma das primeiras grandes contratações da era de propriedade da BlueCo.
Sua conduta contrastou fortemente com a de Pedro Neto, que recentemente foi recompensado com um novo contrato até 2032, apesar do interesse do Manchester City e da Liga Pro Saudita, optando em vez disso por lutar por seu lugar sob o comando de Xabi Alonso e abraçar um novo papel como ala.
Fernandez também criticou publicamente o clube na temporada passada por sua decisão de deixar Enzo Maresca sair para o Manchester City, dizendo que não entendia a razão por trás da autorização da saída do italiano.
"Eu não entendo isso. Às vezes, há coisas que nós, como jogadores, não entendemos, como e de que maneira eles tentam gerenciar as coisas," disse Fernandez na época. "Obviamente, foi uma saída que nos machucou muito, especialmente no meio da temporada, isso corta tudo pela metade. Nós tínhamos uma identidade.
"Ele nos deu uma ordem, embora, como é o jeito do futebol, às vezes seja bom e ruim. Mas ele sempre teve uma identidade muito clara quando se tratava de treinar e jogar."
Fernandez e Maresca mantiveram contato regular após a saída do italiano, uma amizade que, segundo relatos, deixou o Chelsea desapontado com seu vice-capitão durante um período difícil tanto dentro quanto fora de campo, mesmo que não haja nada contra os jogadores manterem contato com ex-treinadores. Maresca fez de Fernandez seu principal alvo de transferência enquanto o City reformulava seu meio-campo neste verão, trazendo também Ayyoub Bouaddi e Elliot Anderson, enquanto permitia que Rodri deixasse o clube para o Barcelona.