Karl, 18, colocou os campeões alemães à frente pouco antes do intervalo e celebrou colocando o dedo nos lábios em um gesto de "silêncio" em direção aos torcedores da casa, que interpretaram isso como uma provocação e vaiaram o atacante pelo restante da partida.
Harry Kane garantiu uma vitória por 2-1 para o Bayern, mas Karl sentiu a necessidade de esclarecer sua celebração depois.
"São as emoções que tomam conta. Sinto muito se os torcedores me entenderam mal, essa não era a intenção," disse Karl.
"A maioria dos torcedores de futebol sabe que se trata de emoções, e que isso é simplesmente parte do jogo. Sinto muito por isso."
Elversberg, recém-promovido à Bundesliga, esperava causar uma grande surpresa contra os visitantes, e embora o choque não tenha se concretizado, a equipe da casa fez uma exibição impressionante e esteve perto de conquistar um ponto contra os campeões diante de seus próprios torcedores.
O meio-campista Maximilian Rohr ficou satisfeito com a performance de sua equipe, apesar da derrota.
"Podemos ter perdido, mas estou tão feliz por ter jogado contra um time assim," disse Rohr ao site oficial do Bayern de Munique. "Acho que fizemos um bom trabalho, e podemos nos orgulhar da nossa performance."
Elversberg teve um início sólido na Bundesliga, com seis pontos em três partidas após sua promoção, e viajará a seguir para enfrentar o Schalke 04 em seu próximo jogo da liga enquanto busca construir sobre um começo encorajador.