O meio-campista português rejeitou duas propostas de contrato do United, com seu acordo atual prestes a expirar no final da temporada. No entanto, o clube tem a opção de estender sua permanência por mais 12 meses.
O Manchester United está ansioso para manter seu capitão, mas entende-se que Fernandes quer avaliar a direção do clube sob Pochettino antes de tomar uma decisão sobre um novo contrato.
Uma fonte disse ao The Sun: "Bruno quer ver o que acontece pelo resto desta temporada antes de se comprometer.
"Seu relacionamento com o clube tem sido instável nos últimos anos.
"Ele teve a melhor temporada de sua carreira, mas está insatisfeito com algumas das decisões desde que Sir Jim Ratcliffe e Ineos compraram o clube.
"Ele sabe que Poch é um bom treinador, mas quer ver o clube apoiá-lo adequadamente -- ele e alguns outros jogadores acham que foram preparados para falhar nesta temporada."
A mesma fonte afirmou que havia frustração entre os jogadores sobre o recrutamento e a tomada de decisões do clube, particularmente a falha em trazer outro lateral-esquerdo durante o verão.
"Os jogadores acreditam que a falha em comprar outro lateral-esquerdo no verão foi inaceitável.
"Eles estão perplexos com algumas das decisões.
"Há uma desconexão entre os jogadores e a hierarquia."
Fernandes tem sido uma figura central em Old Trafford desde que se juntou ao Sporting em 2020, mas a difícil temporada do United criou incertezas sobre seu futuro.
Ele foi recentemente deixado de fora por Michael Carrick após a derrota para o Como na Liga dos Campeões, tendo supostamente criticado as táticas do treinador. Carrick foi posteriormente demitido após o mau início do United na campanha da Premier League.
Pochettino agora foi nomeado como seu sucessor, e o United espera que o argentino possa ajudar a convencer Fernandes a permanecer no clube.
A posição contratual do meio-campista dá ao clube alguma proteção. Se um novo acordo não for alcançado, o United pode ativar o ano adicional antes de janeiro, impedindo-o de negociar um acordo pré-contratual com um clube estrangeiro durante a janela de inverno.
Essa opção é importante porque, sem uma extensão, Fernandes poderia falar com clubes fora da Inglaterra a partir de janeiro com a intenção de deixar o clube em transferência gratuita quando seu contrato expirar.
O United deixou claro que quer que ele fique, e o clube deve continuar as discussões com seus representantes. No entanto, Fernandes já rejeitou duas propostas, o que significa que a chegada de um novo treinador pode ser um fator importante para determinar se as negociações avançam.
A primeira tarefa de Pochettino será melhorar os resultados e restaurar a confiança em Old Trafford. Se ele também conseguir convencer o capitão de que o United está indo na direção certa, isso pode ser igualmente significativo para os planos de longo prazo do clube.