Ipswich Town liderou aos 29 minutos através de Leif Davis depois que Abdul Fatawu driblou Luke Shaw, mas o Manchester United empatou pouco antes do intervalo quando Fernandes finalizou uma jogada confusa após Darwin Núñez escorregar.
O capitão então converteu um segundo gol controverso - o chute de Harry Maguire desviou em Jacob Greaves apesar de um apelo por mão na bola - antes de adicionar um pênalti e um terceiro gol, com Bryan Mbeumo marcando o quinto. O substituto Chuba Akpom descontou no tempo de acréscimo, mas isso mal afetou o placar.
Michael Carrick elogiou a forma como sua equipe reagiu após ficar atrás no placar.
"Foi uma boa vitória. Foi realmente uma boa vitória no final. Jogamos um futebol muito bom. A maior coisa hoje foi a mentalidade dos meninos para superar os contratempos," disse ele. "Controlamos bem o jogo na maior parte do tempo. Os meninos lidaram muito bem com isso e fomos fabulosos."
Sobre Fernandes, na mesma semana em que recebeu o prêmio de Jogador do Ano da PFA, Carrick acrescentou:
"Ele mostrou sua qualidade hoje. Bruno fez o que ele sabe fazer. Ele teve uma grande semana ganhando prêmios. Três gols e uma performance fantástica. É toda a mentalidade de lidar com isso e confiar uns nos outros.
"Na semana passada não foi para nós e aceitamos isso. Hoje foi muito melhor."
Sobre os negócios do verão, Carrick disse: "Acho que fizemos alguns negócios fantásticos e fizemos isso muito bem com o dinheiro que gastamos. O espírito é bom e eles querem lutar uns pelos outros."
O técnico do Ipswich, Gary O'Neil, sentiu que o colapso de sua equipe dependia de um período cruel em ambos os lados do intervalo.
"Se você olhar para a última meia hora, o Man Utd criou muitas chances. O escorregão para o gol foi infeliz, estávamos no controle e perdemos nosso atacante no intervalo. Então, um desvio enorme e mão na bola. Você se vê perdendo por 2-1," disse O'Neil.
"O terceiro gol foi uma saída pobre. Orgulhoso dos jogadores por continuarem e marcarem um gol no final. É uma derrota no Old Trafford para uma equipe recém-promovida."
Sobre o debate da mão na bola anulada, ele acrescentou: "Não parece um gol. Parece que deveria ser anulado, mas aceitamos que não é e essa é a regra."
Fernandes refletiu sobre uma semana agitada que terminou em grande estilo.
"Estávamos no controle do jogo e então sofremos o gol, perdemos um pouco de controle depois disso, mas então voltamos para o jogo, marcamos pouco antes do intervalo e no segundo tempo fomos brilhantes," disse ele.
"É uma grande honra para mim, mas é junto com a equipe porque eu não poderia fazer nada disso sem a ajuda deles. Há certos dias que você sente isso. É um desses dias em que tudo vem até você e você tem que aproveitar."