O atacante do Al-Nassr, de 41 anos, se encontrou com Jesus na quarta-feira em uma tentativa de resolver a situação após ter sido deixado no banco na vitória da Liga das Nações.
Ronaldo anunciou posteriormente que havia decidido deixar a seleção nacional.
"Após a coletiva de imprensa da seleção nacional e após uma conversa com o Presidente da Federação Portuguesa de Futebol, decidi deixar a seleção nacional," ele escreveu no Instagram.
"Com o tempo, contarei a todos os portugueses a verdade sobre os motivos que me levaram a deixar a seleção nacional, à qual sempre me dediquei."
"Agora é hora de desejar boa sorte a Portugal e a todos os meus companheiros de equipe, sem exceção."
A decisão veio logo após Jesus ter abordado a situação em sua própria coletiva de imprensa.
O treinador de Portugal disse que não houve nenhum incidente maior entre ele e Ronaldo, embora tenha reconhecido que o atacante estava insatisfeito após passar o jogo contra a Noruega no banco.
"Não houve incidente algum," disse Jesus.
"Qualquer jogador - e eu fui jogador - quando você passa 20 ou 30 minutos se aquecendo e depois não entra, ninguém fica feliz com isso."
Jesus explicou que inicialmente pretendia usar Ronaldo como substituto, mas acabou decidindo não colocá-lo em campo.
"Depois, como treinador, decidi não colocá-lo em campo. Não é nada para fazer alarde," ele disse.
Ele também insistiu que o status de Ronaldo não influenciaria suas decisões.
"A maneira como eu estava lendo o jogo (contra a Noruega), ele não entrou," disse Jesus.
"Porque não é Cristiano, assim como nunca será qualquer jogador que mudará minhas ideias como treinador. Nunca! Não ele, não ninguém no futebol. Não ele, não nenhum presidente. Nunca! Zero!"
Gonçalo Ramos começou contra a Noruega e marcou o gol da vitória, com Jesus indicando posteriormente que o atacante do AC Milan também começaria o próximo jogo contra a Dinamarca.
A saída de Ronaldo levanta novas questões sobre o futuro de sua carreira internacional.
Ele havia falado recentemente sobre seu desejo de continuar representando Portugal, dizendo que ainda acreditava que poderia ajudar a seleção nacional e que pararia quando sentisse que não poderia mais contribuir.
"Ainda acredito que sou capaz de ajudar a seleção nacional a alcançar o que deseja, e terminarei quando sentir que não estou fazendo nada aqui," disse Ronaldo anteriormente.
"Acho que posso dar à seleção nacional meu apoio, não apenas através dos gols, mas também fora do futebol."
Ronaldo conquistou 234 convocações pela Portugal e marcou 146 gols internacionais.
Sua decisão mais recente vem após sua relação com Jesus ter sido analisada apenas meses depois que o treinador assumiu o comando da seleção nacional.
Jesus manteve que sua decisão de não usar Ronaldo do banco contra a Noruega foi puramente tática.
Ronaldo, no entanto, disse que eventualmente explicará os motivos por trás de sua decisão de deixar a seleção nacional.