O internacional camaronês foi forçado a sair logo após o intervalo em Old Trafford, tendo começado ao lado de Kobbie Mainoo no meio-campo pela primeira vez.
Baleba avançou rapidamente no início do segundo tempo e parecia prestes a criar uma oportunidade perigosa quando de repente sentiu desconforto. Ele não conseguiu continuar, com Youri Tielemans entrando em seu lugar.
Carrick confirmou após a partida que o problema era na coxa de Baleba, embora o clube precisasse realizar mais avaliações antes de estabelecer a gravidade.
"Não tenho mais notícias sobre Carlos neste momento, mas é na coxa dele," disse o técnico do United.
"Teremos que avaliar como isso está, mas, inicialmente, não parece bom."
A lesão veio em um momento difícil para o United, que foi para o intervalo perdendo por 2-0 após gols de Matías Soulé e Donyell Malen. Bruno Fernandes converteu um pênalti antes de Matheus Cunha marcar duas vezes para completar uma recuperação notável.
Tielemans fez uma contribuição positiva após substituir Baleba, recebendo elogios de Carrick pela forma como lidou com as circunstâncias.
"Achei que Youri entrou no jogo e mostrou do que se trata, sua personalidade e caráter ao entrar na equipe," disse Carrick.
"Ele é um ser humano incrível, eu adoro tê-lo por perto por tudo que ele traz."
A performance do belga poderia fortalecer seu caso por uma vaga como titular quando o Manchester United enfrentar o Aston Villa em Old Trafford no domingo.
A ausência de Baleba seria um revés para Carrick, especialmente depois que o meio-campista foi escalado ao lado de Mainoo desde o início pela primeira vez. O United agora aguardará os resultados de novos exames antes de saber se ele estará disponível para os próximos jogos.