Lindelöf deixou o Västerås SK para o Benfica no verão de 2012, pouco antes de completar 18 anos, e começou na equipe B do clube antes de fazer sua estreia no time principal em sua segunda temporada lá.
Foi apenas em sua terceira temporada que ele ganhou uma chance regular e a fez sua, passando a fazer 73 aparições competitivas antes de ser contratado pelo Manchester United no verão de 2017.
O diretor da academia do Benfica, Bruno Maruta, disse O Jogo que as dificuldades iniciais do sueco tornaram seu eventual avanço uma das histórias de sucesso mais surpreendentes a sair do sistema juvenil do clube: "Ele chegou aqui ainda como júnior, com habilidades, principalmente físicas.
"Ele teve dificuldade em se adaptar e transitou entre diferentes posições. Foi um processo em que nossas expectativas em relação a ele eram baixas."
Maruta disse que o clube tratou Lindelöf da mesma forma que qualquer outro prospecto, e que foi sua atitude que o destacou.
"Nós não lhe oferecemos nada mais do que as condições que oferecemos a outros. Através de sua atitude e ética de trabalho, ele conquistou sua chance. Ele foi um dos primeiros a chegar ao treinamento e um dos últimos a sair. Ele mostrou um enorme desenvolvimento, impulsionado mais por essa atitude do que por puro talento."
Lindelöf fez 284 aparições competitivas pelo Manchester United, marcando quatro gols e fornecendo sete assistências, antes de deixar como agente livre para o Aston Villa no verão de 2025, após oito anos em Old Trafford. Agora com 32 anos, ele fez 35 aparições pelo Villa e marcou três gols em 80 partidas pela Suécia.