Manchester City bereidt een Brits-recordpakket ter waarde van ongeveer £130 miljoen voor voor Fernandez, die de overstap voor de deadline van dinsdag wil en opnieuw afwezig was terwijl Chelsea Brighton versloeg.
Alonso verfraaide zijn reden niet.
"We zullen zien. We willen het beste voor het team en daarom hebben we de beslissing genomen tegen Luton en vandaag en alles wat er voor dinsdagavond gebeurt, moeten we ons bewust zijn van wat zich gaat ontwikkelen," zei hij.
"We zijn niet zeker, we bereiden ons voor op alle scenario's, maar ik ben er zeker van dat wat er ook gebeurt vanaf woensdag, we een sterke genoeg selectie zullen hebben om in alle Premier League-wedstrijden te concurreren."
Chelsea is bezig met het aantrekken van versterkingen, ongeacht hoe de situatie rond Fernandez zich ontwikkelt, met Monaco's Lamine Camara onder de namen die in verband worden gebracht, en de exit van de Argentijn wordt verwacht door te gaan mits de vergoeding klopt en er een vervanger is.
De situatie van Pedro Neto is onduidelijker. De Portugese vleugelspeler, dit seizoen ingezet als wing-back, heeft interesse gewekt van Liverpool onder anderen, en Alonso hield zich op de vlakte over een vertrek, zelfs na een sterke vertoning tegen Brighton.
"Nee, in voetbal garandeer ik niets, niet voor iemand. Maar ik was erg blij met Pedro. Hij deed het echt goed, hij speelde met veel energie," zei Alonso. "Hij gaat heel belangrijk zijn voor het team het hele seizoen omdat hij verschillende speciale kwaliteiten heeft.
"Hij is een bedreiging in één-tegen-één, hij valt heel goed aan in de ruimte, hij is sterk, hij is competitief. Ik ben blij dat hij scoorde, hij was echt dichtbij om er nog een te scoren. Ik ben erg blij met Pedro."
De gemengde boodschappen - oprechte lof naast een weigering om zich vast te leggen - laat Neto's toekomst bijna net zo onopgelost als die van Fernandez, ook al lijkt de exit van de Argentijn nu veruit verder gevorderd dan de twee situaties.