De waarschuwing komt nadat de Premier League City schuldig bevond aan bijna alle 115 aanklachten die tegen de club zijn ingediend wegens vermeende financiële overtredingen.
De Telegraph meldt dat Emirati-functionarissen de regering hebben gewaarschuwd dat miljarden ponden aan potentiële toekomstige investeringen nu kunnen worden ingetrokken vanwege de uitspraak.
Onder de projecten die mogelijk worden beïnvloed, is de voorgestelde technologiecorridor Oxford-Cambridge, waarvoor ministers privé-investeringen hebben gezocht om deze te ontwikkelen als een belangrijke technologie- en levenswetenschappenhub in het VK.
De regering heeft £500 miljoen aan het project toegezegd, maar zoekt ongeveer £10 miljard aan privé-investeringen, waarbij Abu Dhabi wordt beschouwd als een belangrijke potentiële bron.
Het geschil heeft ook vragen opgeworpen over de relatie tussen Manchester City-voorzitter Khaldoon Al Mubarak en senior Britse ministers.
Al Mubarak ontmoette Business Secretary Jonathan Reynolds in Downing Street twee weken voordat de Premier League haar oordeel tegen City aankondigde. Het Department for Business and Trade zei dat de bijeenkomst zich richtte op handel, defensie en veiligheid in plaats van de voetbalclub.
Op dat moment wist Al Mubarak al dat City schuldig was bevonden, hoewel de details van de beslissing nog niet openbaar waren gemaakt.
De zorgen van de VAE zijn verder gegaan dan de specifieke investeringsprojecten. Bloomberg meldde dat functionarissen geloofden dat de acties van de Premier League de bredere relatie tussen de VAE en het VK zouden kunnen beïnvloeden.
De situatie heeft ook Andy Burnham onder de loep gelegd, nadat de voormalige burgemeester van Groot-Manchester zei dat hij "echt bezorgd" zou zijn als de eigenaren van City zouden besluiten de club te verkopen.
"Ze zijn zo'n enorme partner geweest in de opbouw van modern Manchester," zei Burnham. "Het is duidelijk de opbouw van Manchester City tot de wereldwijde kracht die het nu is."
Downing Street benadrukte vervolgens dat niemand boven de regels kan worden beschouwd na de opmerkingen van Burnham.
"Het eerste oordeel [tegen City] is serieus en er kan geen enkele suggestie zijn dat iemand boven de regels staat," zei Downing Street.
Manchester City heeft de bevindingen van de Premier League verworpen en gezegd dat ze in beroep zullen gaan tegen het oordeel.
De Premier League bevond de club schuldig aan het regelen van wat het beschreef als "schijncontracten" en aan het kunstmatig opblazen van zijn financiële resultaten met meer dan £900 miljoen om de uitgavenregels te omzeilen, volgens het geleverde rapport.
De zaak zou daarom gevolgen kunnen hebben die verder reiken dan voetbal, waarbij het oordeel nu wordt gekoppeld aan de inspanningen van het VK om grote investeringen uit de VAE te waarborgen.
Voor de regering is de onmiddellijke uitdaging om de relatie met Abu Dhabi te behouden terwijl het disciplinaire proces van de voetbalautoriteiten onafhankelijk kan doorgaan.