Guimarães kwam deze zomer voor £75 miljoen over naar Arsenal na langdurige onderhandelingen tussen de twee clubs, waarbij Newcastle United verschillende aanbiedingen afwees voordat ze uiteindelijk instemden met de verkoop van de Braziliaanse middenvelder.
Hij was een vaste favoriet onder de fans in Tyneside, maar zou naar verluidt hebben aangedrongen op de transfer zodra de interesse van Arsenal bekend werd, waardoor Newcastle zijn vertrek met tegenzin goedkeurde.
"We wilden Bruno Guimarães echt niet verliezen. Dat was echt teleurstellend, dat we uiteindelijk op dat punt kwamen, hoewel we blij waren met waar we qua cijfers terechtkwamen," zei Wilson tegen Sky Sports.
"Dat maakte geen deel uit van ons plan. Alles wat verder gebeurde tijdens de transferperiode maakte deel uit van het plan."
De zomer van Newcastle zag ook Sandro Tonali vertrekken naar Tottenham en Anthony Gordon vertrekken, met de opbrengsten van alle drie de verkopen opnieuw geïnvesteerd in aankopen waaronder Sean Steur, Lukas Hornicek, Amad Dedic en Nico Gonzalez terwijl de club haar selectie wilde hervormen en de financiën in balans wilde houden.
De onrust werd verergerd door de verrassende vertrek van Eddie Howe in augustus, wat een perceptie van buiten de club voedde dat de transferperiode in chaos was veranderd, met de sportieve directeur nu belast met het stabiliseren van de situatie naast een nieuwe hoofdcoach.
Wilson verzet zich krachtig tegen die karakterisering.
"Eerlijk gezegd voelde het van binnen nooit chaotisch. Het heeft geen zin om te doen alsof," zei hij. "Dat betekent niet dat elke speler die we hebben aangetrokken de nummer één naam op onze lijst was, maar dat is nooit het geval in een transferperiode. Het is duidelijk dat we een paar keer teleurgesteld waren, maar nogmaals, dat is normaal.
"Geen enkele club gaat de transferperiode in en bereikt het einde met elke doelstelling die ze hebben gesteld. Als ze zeggen dat ze dat wel deden, is het een leugen."
Hij voegde eraan toe dat Newcastle hun zaken voor het seizoen compleet beschouwde, hoewel niet noodzakelijk definitief, waardoor de deur open bleef voor verdere inkomende transfers.
"We hebben een selectie voor het seizoen opgebouwd. Dat betekent niet dat we in januari geen verdere wijzigingen kunnen aanbrengen."