Fernandez kreeg uiteindelijk zijn zin in de vorm van een deadline-day transfer van £125 miljoen naar Manchester City, een bedrag dat gelijk was aan het Britse transferrecord dat Liverpool had gevestigd met de aankoop van Alexander Isak de zomer ervoor, nadat hij eerder had geflirt met een transfer naar Real Madrid. Chelsea hield vol voor het maximaal mogelijke bedrag voordat ze de verkoop goedkeurden, maar de vertraging liet hen zonder vervanger op het middenveld achter nadat een late poging om Monaco's Lamine Camara te tekenen was mislukt toen de Franse club zich uit de deal terugtrok, een ontwikkeling die naar verluidt de hiërarchie van Chelsea woedend maakte.
Vice-captain Fernandez voelde dat hij geen relatie meer had met zijn Chelsea-teamgenoten en diende niet één maar twee schriftelijke transferverzoeken in tijdens de zomer in zijn poging om een transfer weg van Stamford Bridge af te dwingen.
Zijn tijd in West-Londen was al turbulent geweest lang voordat dat gebeurde. De club steunde hem nadat hij was gefilmd terwijl hij een racistische chant over het Franse nationale team zong, en bleef hem speeltijd geven afgelopen seizoen ondanks wat algemeen werd gezien als publiekelijk disrespect naar de club. Op het veld maakte Chelsea echter een gezonde winst op de deal, en Fernandez was een sleutelspeler in het team dat de Club Wereldbeker en de Conference League won als een van de eerste grote aanwinsten van het BlueCo-eigentijdperk.
Zijn gedrag stond in scherp contrast met dat van Pedro Neto, die onlangs werd beloond met een nieuw contract dat loopt tot 2032 ondanks interesse van Manchester City en de Saudi Pro League, en in plaats daarvan koos om te vechten voor zijn plek onder Xabi Alonso en een nieuwe rol als wing-back te omarmen.
Fernandez had ook publiekelijk kritiek geuit op de club afgelopen seizoen over de beslissing om Enzo Maresca naar Manchester City te laten vertrekken, en zei dat hij de reden achter het goedkeuren van de Italiaanse exit niet begreep.
"Ik begrijp het niet. Soms zijn er dingen die wij als spelers niet begrijpen, hoe en op welke manier ze proberen dingen te beheren," zei Fernandez destijds. "Het was duidelijk een vertrek dat ons veel pijn deed, vooral midden in het seizoen, het snijdt alles kort. We hadden een identiteit.
"Hij gaf ons een opdracht, ook al is het, zoals het in het voetbal gaat, soms goed en soms slecht. Maar hij had altijd een zeer duidelijke identiteit als het ging om trainen en spelen."
Fernandez en Maresca bleven na de vertrek van de Italiaan regelmatig contact houden, een vriendschap die naar verluidt Chelsea teleurgesteld achterliet in hun vice-captain tijdens een moeilijke periode zowel op als naast het veld, ook al is er niets tegen spelers die in contact blijven met voormalige managers. Maresca maakte Fernandez zijn nummer één transferdoel terwijl City hun middenveld deze zomer vernieuwde, en haalde ook Ayyoub Bouaddi en Elliot Anderson binnen terwijl Rodri naar Barcelona mocht vertrekken.