De 25-jarige was een onbenutte vervanger terwijl Algerije terugkwam om Zambia met 3-1 te verslaan in een kwalificatiewedstrijd voor de Afrika Cup op vrijdag.
Ait-Nouri leek gefrustreerd te zijn dat hij op de bank bleef zitten en werd gefilmd terwijl hij met een coach discussieerde, terwijl een teamgenoot probeerde in te grijpen.
De Algerijnse Voetbalfederatie bevestigde vervolgens dat de verdediger van Manchester City uit de selectie was gezet en zou terugkeren naar zijn club.
De nationale coach, de heer Brahim Hemdani, heeft deze zaterdag besloten om de speler Rayan Ait-Nouri uit het huidige trainingskamp van het nationale team te halen," zei de federatie.
De Algerijnse international zal terugkeren naar zijn club, Manchester City."
Ait-Nouri's vroege vertrek kwam nadat Algerije al overwinning had behaald zonder hem.
Jaouen Hadjam gaf Algerije de leiding na slechts twee minuten voordat Zambia's Fashion Sakala in de 57e minuut gelijkmaakte.
Ibrahim Maza herstelde Algerije's voorsprong voordat Anis Hadj Moussa zeven minuten later een derde doelpunt toevoegde om de 3-1 overwinning te voltooien.
Ait-Nouri's vroege terugkeer betekent dat hij nu terugkeert naar Manchester City in plaats van bij Algerije te blijven voor de rest van de interlandbreak.
De verdediger kwam bij City nadat hij eerder voor Wolverhampton Wanderers had gespeeld en maakt deel uit van de selectie van de club tijdens de openingsfase van het seizoen.