De 37-jarige neemt het over na 18 maanden het management van Wacker Burghausen, wat een nieuwe stap markeert in zijn trainerscarrière binnen een van Europa's meest prestigieuze academies.
Bayern München bevestigde de aanstelling als onderdeel van hun voortdurende focus op het ontwikkelen van elite jeugd talent op de campus van de club.
Bender, die eerder een lange speelcarrière in de Bundesliga had, waaronder 12 jaar bij Bayer Leverkusen, zei dat de kans een aanzienlijke privilege vertegenwoordigt.
"Het is een privilege om deze rol bij Bayern op me te nemen," zei Bender.
"De gesprekken vanaf het begin waren zeer positief en ik kijk uit naar de uitdaging."
Bayern's jeugd directeur Michael Wiesinger prees de aanstelling en benadrukte Bender's ervaring zowel als speler als ontwikkelende coach.
Hij wordt verwacht nauw samen te werken met assistenten Philipp Deppner en Benjamin Kauffmann als onderdeel van de U17 opzet.
De stap zet Bayern's strategie voort om voormalige professionals in sleutelrollen binnen de academie te integreren om de lange termijn ontwikkeling van spelerspaden te versterken.