Het beslissende moment kwam in de 62e minuut, toen Federico Valverde de bezoekende verdediging splitste met een precieze pass en Diomande afrondde langs doelman Péter Gulácsi. Het doelpunt, aanvankelijk afgekeurd voor buitenspel, werd toegekend na een VAR-herziening.
Villarreal creëerde zelf kansen maar kon de gelijkmaker niet vinden. Hun taak werd gecompliceerder toen Vinícius Júnior in de 72e minuut werd weggestuurd nadat een herziening zijn ogenschijnlijk tweede doelpunt voor Madrid afkeurde vanwege een haar-trek op Nathan Saliba.
Pérez vond dat zijn spelers genoeg hadden gedaan om iets uit de wedstrijd te halen, maar gaf toe dat hun afwerking hen had teleurgesteld.
"We misten de afwerking en de nauwkeurigheid in de aanval om het een complete prestatie te maken," zei de Villarreal-trainer. "We hebben een geweldige wedstrijd gespeeld tegen een moeilijke tegenstander, in een stadion waar je kunt zien hoe moeilijk het is voor bezoekende teams."
De trainer was bijzonder tevreden over het werk van zijn middenveld, waar Juan Foyth in een diepere rol werd gebruikt om Villarreal te helpen concurreren in balbezit en de gevaarlijke overgangen van Madrid te beperken.
"Door Juan in de nummer zes-positie te zetten, wilden we het middenveld solider maken," legde Pérez uit. "Als je het middenveld hier niet kunt controleren, zowel in de aanval als in de verdediging, beginnen ze te rennen en zich comfortabel te voelen."
Hij voegde eraan toe dat Foyth en de andere centrale middenvelders nuttige passingopties hadden geboden, hoewel Villarreal meer had kunnen doen met het balbezit dat ze hadden.
Madrid's vermogen om onmiddellijk aan te vallen na het heroveren van de bal bleef een grote bedreiging. Pérez zei dat die overgangen moeilijk te beheersen waren, vooral in het Bernabéu, waar het verliezen van balbezit snel kostbaar kan blijken.
Foyth deelde de teleurstelling van zijn coach en wees erop dat Villarreal in de meeste statistische maatstaven had geconcurreerd, maar hun prestatie niet in punten had omgezet.
"Real Madrid in hun eigen stadion in praktisch elke statistiek verslaan is niet gemakkelijk," zei de Argentijn. "We kwamen hier voor de drie punten, en het is jammer omdat ik denk dat we kansen hadden om ze te krijgen."
Foyth prees ook de reactie van Madrid nadat Vinícius was weggestuurd, en zei dat de thuisploeg bleef drukken en rennen ondanks dat ze een speler minder hadden. Hij vond dat Villarreal tijdens die periode kalmer had kunnen zijn in balbezit.
Over de uitsluiting zei Foyth dat de scheidsrechter met een moeilijke sfeer te maken had, maar dat hij de beslissing correct vond onder de regels. Hij weerstond de verleiding om de controverse te verlengen en benadrukte in plaats daarvan dat Villarreal moest leren van de nederlaag.
Pérez drong er ook bij zijn spelers op aan om hun geloof te behouden, en betoogde dat zo goed concurreren in het Bernabéu hun vertrouwen zou moeten versterken, ook al was het resultaat pijnlijk.
Voor Villarreal is de uitdaging nu om prestaties van dit niveau om te zetten in overwinningen.