Fernandes bereidde het hoofd van Patrick Dorgu in de 33e minuut voor uit een hoekschop -- zijn 21e assist van het seizoen -- waardoor hij Thierry Henry en Kevin De Bruyne, die sinds 2002-03 en 2019-20 gezamenlijk het record hielden, voorbijstak.
Hij scoorde vervolgens United's derde kort na de rust om de campagne af te sluiten met negen doelpunten en 21 assists in 38 competitiewedstrijden.
Bryan Mbeumo voegde United's tweede doelpunt toe tussen de bijdragen van Fernandes, terwijl het team van Michael Carrick het seizoen in Brighton beëindigde met hun 12e overwinning uit 17 wedstrijden onder de nieuwe permanente manager.
Carrick werd gevraagd naar de mogelijkheid dat Fernandes, wiens contract loopt tot juni 2027 met een optie voor een extra jaar, opnieuw verleid zou worden na een eerdere poging om zich bij het Saoedische Al-Hilal aan te sluiten afgelopen zomer. Zijn antwoord was ondubbelzinnig.
"Hij houdt ervan om hier te zijn. Ik denk dat je dat kunt zien. Hij wilde blijven, hij wil in elke wedstrijd blijven omdat hij geniet van zijn voetbal. We hebben genoten van wat hij heeft gedaan. Ik heb geen reden om anders te denken."
Fernandes, die eerder deze week werd uitgeroepen tot speler van het seizoen in de Premier League en de mannelijke speler van het jaar van de Football Writers' Association, sprak over de bevestiging van Carrick's aanstelling.
"Het is uiteraard een zeer belangrijke stap voor onze club. We hebben stabiliteit nodig op het gebied van management. Sinds Michael bij de club is gekomen, weet je de rust die hij het team geeft. Hij kent de club, wat het betekent en wat het vereist om bij deze club te zijn. We zijn erg enthousiast over wat komen gaat."
Manchester United eindigt als derde in de Premier League en keert voor het eerst sinds het seizoen 2023-24 terug naar de Champions League.