De 41-jarige Al-Nassr-aanvaller ontmoette Jesus op woensdag in een poging om de situatie aan te pakken nadat hij op de bank was gelaten voor de overwinning in de Nations League.
Ronaldo kondigde vervolgens aan dat hij had besloten het nationale team te verlaten.
"Na de persconferentie van het nationale team, en na een gesprek met de voorzitter van de Portugese Voetbalbond, heb ik besloten het nationale team te verlaten," schreef hij op Instagram.
"In de loop van de tijd zal ik alle Portugezen de waarheid vertellen over de redenen die mij hebben gemotiveerd om het nationale team te verlaten, waaraan ik altijd mijn toewijding heb gegeven.
"Nu is het tijd om Portugal en al mijn teamgenoten veel succes te wensen, zonder uitzondering."
De beslissing kwam kort nadat Jesus de situatie in zijn eigen persconferentie had toegelicht.
De coach van Portugal zei dat er geen groot incident was geweest tussen hem en Ronaldo, hoewel hij erkende dat de aanvaller ongelukkig was na het doorbrengen van de wedstrijd tegen Noorwegen op de bank.
"Er was helemaal geen incident," zei Jesus.
"Elke speler - en ik was zelf ook een speler - als je 20 of 30 minuten aan het opwarmen bent en dan niet invalt, is niemand daar blij mee."
Jesus legde uit dat hij oorspronkelijk van plan was Ronaldo als invaller te gebruiken, maar uiteindelijk besloot hem niet in te brengen.
"Daarna, als coach, besloot ik hem niet in te brengen. Het is niets om een ophef over te maken," zei hij.
Hij benadrukte ook dat Ronaldo's status zijn beslissingen niet zou beĂŻnvloeden.
"De manier waarop ik de wedstrijd (tegen Noorwegen) las, kwam hij niet in," zei Jesus.
"Omdat het niet Cristiano is, net zoals het nooit een speler zal zijn die mijn ideeën als coach zal veranderen. Nooit! Niet hij, niet iemand in het voetbal. Niet hij, niet een president. Nooit! Nul!"
Goncalo Ramos begon tegen Noorwegen en scoorde het winnende doelpunt, waarbij Jesus vervolgens aangaf dat de AC Milan-aanvaller ook de volgende wedstrijd tegen Denemarken zou starten.
Ronaldo's vertrek roept nieuwe vragen op over de toekomst van zijn internationale carriĂšre.
Hij had pas recentelijk gesproken over zijn verlangen om Portugal te blijven vertegenwoordigen, en zei dat hij nog steeds geloofde dat hij het nationale team kon helpen en dat hij zou stoppen wanneer hij voelde dat hij niet langer kon bijdragen.
"Ik geloof nog steeds dat ik in staat ben het nationale team te helpen om te bereiken wat ze willen, en zal stoppen wanneer ik voel dat ik hier niets meer doe," zei Ronaldo eerder.
"Ik denk dat ik het nationale team mijn steun kan geven, niet alleen door de doelpunten, maar ook buiten het voetbal."
Ronaldo heeft 234 interlands gespeeld voor Portugal en 146 internationale doelpunten gescoord.
Zijn laatste beslissing komt nadat zijn relatie met Jesus onder de loep kwam te liggen, slechts enkele maanden nadat de coach de leiding over het nationale team had genomen.
Jesus heeft volgehouden dat zijn beslissing om Ronaldo niet vanaf de bank tegen Noorwegen te gebruiken puur tactisch was.
Ronaldo heeft echter gezegd dat hij uiteindelijk de redenen achter zijn beslissing om het nationale team te verlaten zal uitleggen.