De 20-jarige zal volgende week nieuwe voorwaarden ondertekenen die lopen tot 2028, wat een bestaande overeenkomst verlengt die zou aflopen in 2027 met een optie.
De verhuizing bevestigt dat Ibrahimovic deze zomer niet zal worden verkocht.
Het rapport schrijft "vertrouwelijke gesprekken" tussen de Duitse Under-20 international en hoofdcoach Vincent Kompany toe als de belangrijkste factor voor het bereiken van een overeenkomst.
Ibrahimovic staat op het punt om volgend seizoen in München te blijven, waarbij Kompany hem naar verluidt de mogelijkheid biedt van regelmatige speeltijd in de aanval.
De middenvelder doorliep de academie van Bayern München nadat hij in 2018 van 1. FC Nürnberg kwam en maakte zijn senior debuut voor de club in januari 2023.
Hij bracht het seizoen 2023-24 op huurbasis door bij Frosinone in de Serie A voordat hij terugkeerde naar Bayern, en had een verdere huurperiode bij Lazio in de eerste helft van vorig jaar.
Ibrahimovic keerde op huurbasis terug naar Duitsland bij 1. FC Heidenheim voor het seizoen 2025-26, waar hij zijn eerste Bundesliga-doelpunt vanaf de strafschopstip scoorde tegen Stuttgart in februari.
Buiten het eerste elftal neemt Bayern afscheid van Carsten Schünemann, hoofd van de jeugdafdeling van de club, volgens Absolut Fussball.
De 57-jarige bekleedde de functie sinds de zomer van 2019, maar kreeg de laatste tijd zware interne kritiek.
Schünemann zou opzettelijk gekwalificeerde atletische coaches binnen zijn afdeling hebben tegengehouden.
De club heeft ook kritiek geuit op inadequate belastingbeheer onder zijn toezicht, aldus het rapport.
Quirin Löppert, die in januari bij Bayern kwam van FC Augsburg als atletisch en revalidatiecoach, wordt beschouwd als een mogelijke interne opvolger.
Johannes Wieber van 1. FC Nürnberg wordt gezien als een externe kandidaat voor de rol.
De herstructurering van de academie van Bayern komt op hetzelfde moment dat de club zich inzet voor de lange termijn toekomst van een van zijn meest veelbelovende zelfopgeleide talenten.