De Duitse kampioen heeft zondag aangekondigd dat Saibari een operatie heeft ondergaan na een blessure aan zijn rechterenkel tijdens de Klassiker.
De middenvelder moest het veld verlaten tijdens de wedstrijd, die eindigde in een gelijkspel in de Allianz Arena. Bayern München bevestigde vervolgens dat de 25-jarige een syndesmoseband scheur had opgelopen en een operatie had ondergaan.
Gnabry verliet ook de wedstrijd met een blessure, waarbij de club bevestigde dat de Duitse international een spierscheur in de achterkant van zijn linker bovenbeen had opgelopen.
De twee tegenslagen zijn een nieuwe klap voor Bayern, die al een aantal afwezigheden in hun aanvallende opties moesten beheren.
De club heeft geen definitieve terugkeerdatum voor beide spelers gegeven, wat betekent dat hun beschikbaarheid voor de veeleisende reeks wedstrijden die voor hen ligt onzeker blijft.
Vincent Kompany's ploeg moet nu hun opties beoordelen terwijl ze zich voorbereiden op de Champions League ontmoeting van dinsdag met Atlético Madrid. De blessures voegen ook vragen toe over de diepte van de selectie van Bayern, vooral nu het seizoen een drukke periode ingaat.