L'avvertimento arriva dopo che la Premier League ha trovato il City colpevole di tutte tranne una delle 115 accuse mosse contro il club per presunti illeciti finanziari.
Il Telegraph riporta che funzionari emiratini hanno avvertito il Governo che miliardi di sterline di potenziali investimenti futuri potrebbero ora essere ritirati a causa della sentenza.
Tra i progetti potenzialmente colpiti c'è il proposto corridoio tecnologico Oxford-Cambridge, per il quale i ministri hanno cercato investimenti privati per svilupparlo come un importante hub tecnologico e delle scienze della vita nel Regno Unito.
Il Governo ha impegnato 500 milioni di sterline per il progetto ma sta cercando circa 10 miliardi di sterline in investimenti privati, con Abu Dhabi considerato una fonte potenziale importante.
La disputa ha sollevato anche interrogativi sulla relazione tra il presidente del Manchester City Khaldoon Al Mubarak e i ministri senior del Regno Unito.
Al Mubarak ha incontrato il Segretario agli Affari Jonathan Reynolds a Downing Street due settimane prima che la Premier League annunciasse il suo verdetto contro il City. Il Dipartimento per gli Affari e il Commercio ha dichiarato che l'incontro si è concentrato su commercio, difesa e sicurezza piuttosto che sul club calcistico.
A quel tempo, Al Mubarak sapeva già che il City era stato trovato colpevole, sebbene i dettagli della decisione non fossero ancora stati resi pubblici.
Le preoccupazioni degli Emirati Arabi Uniti si sono estese oltre i progetti di investimento specifici. Bloomberg ha riportato che i funzionari credevano che le azioni della Premier League potessero influenzare la relazione più ampia tra gli Emirati Arabi Uniti e il Regno Unito.
La situazione ha anche messo Andy Burnham sotto scrutinio dopo che l'ex sindaco della Grande Manchester ha dichiarato che sarebbe stato "davvero preoccupato" se i proprietari del City decidessero di vendere il club.
Sono stati un partner così importante nella costruzione della moderna Manchester," ha detto Burnham. "Ovviamente, la costruzione del Manchester City nella forza globale che è."
Downing Street ha successivamente sottolineato che nessuno può essere considerato al di sopra delle regole dopo i commenti di Burnham.
Il giudizio iniziale [contro il City] è serio e non può esserci alcuna suggestione che qualcuno sia al di sopra delle regole," ha dichiarato Downing Street.
Il Manchester City ha respinto le conclusioni della Premier League e ha dichiarato che farà appello al verdetto.
La Premier League ha trovato il club colpevole di aver organizzato quelli che ha descritto come "contratti fittizi" e di aver gonfiato artificialmente i suoi risultati finanziari di oltre 900 milioni di sterline per eludere le regole di spesa, secondo il rapporto fornito.
Il caso potrebbe quindi avere conseguenze che si estendono oltre il calcio, con il verdetto ora collegato agli sforzi del Regno Unito per garantire investimenti significativi dagli Emirati Arabi Uniti.
Per il Governo, la sfida immediata è mantenere la relazione con Abu Dhabi consentendo al processo disciplinare delle autorità calcistiche di continuare indipendentemente.