La squadra di Quique Sánchez Flores ha colpito in contropiede poco prima della mezz'ora, Antonio Blanco ha cambiato gioco per Ángel Pérez, che ha servito Boyé per un facile tap-in.
Si è rivelato l'unico gol, con l'Alavés che ha sopravvissuto a un finale da brivido - compreso un passaggio di gioco in cui la palla è tornata da tre legni diversi - per siglare un terzo avvio consecutivo senza sconfitte e salire in cima alla classifica.
Sánchez Flores era soddisfatto dell'intensità della sua squadra contro un Villarreal che stima molto.
"Fin dal primo momento è stata una partita molto intensa. Abbiamo battuto una squadra davvero buona con qualità individuali straordinarie - è molto difficile togliergli la palla. Siamo stati molto intensi, e ovunque fosse la palla, avevamo molte gambe lì," ha detto.
"È fantastico e meraviglioso. È un inizio storico dopo tanto tempo. Questo significa che i tifosi, per cui giochiamo, hanno qualcosa che non provano da anni."
Ha anche elogiato le sue opzioni a centrocampo: "La stragrande maggioranza delle partite si decide in mezzo al campo, e noi siamo molto bravi lì. Oggi hanno giocato Protesoni, Denis, Antonio, Mikel e Pablo."
Sánchez Flores ha elogiato la prestazione combattiva di Boyé, nonostante l'attaccante sia stato sostituito per un problema all'adduttore gestito con attenzione durante la partita.
"Lucas è stato sensazionale. Ha avuto un infortunio all'inguine e abbiamo dovuto gestire i suoi minuti con attenzione. Oggi ha dovuto giocare più del previsto, ma gioca partite molto difficili perché subisce molti falli," ha detto l'allenatore.
Per il tecnico del Villarreal Iñigo Pérez, ancora in attesa della sua prima vittoria alla guida, è stata una sconfitta dolorosa.
"Qualsiasi sconfitta è dolorosa. Eravamo su una curva ascendente, con idee che stavano iniziando a prendere piede. Oggi, per periodi, ci stavamo arrivando - abbiamo creato occasioni e non le abbiamo sfruttate. Ma l'attenzione non dovrebbe essere su ciò che si sta stabilizzando, ma su ciò che ci costa," ha detto.
Ha sottolineato una tendenza a disattivarsi difensivamente quando le sue nuove idee funzionano bene in possesso: "Quando le cose vanno bene, puoi innamorarti di esse, e quando devi tornare a difendere, c'è un po' di letargia. Ci è successo a Santander, il Metropolitano è stata un'altra partita. Dobbiamo difendere meglio certe situazioni."
Pérez ha usato un momento in cui la palla ha colpito il legno tre volte in rapida successione come metafora per l'inizio di stagione della sua squadra.
"Non avevo mai visto un triplo legno prima. Pensavo che stesse entrando. È un buon esempio di ciò che ci sta accadendo. Ce lo meritiamo, stiamo giocando bene e l'atteggiamento è buono," ha detto. "Il processo sta andando bene, sono felice del lavoro, solo non dei punti che abbiamo," ha aggiunto, insistendo che non teme mai per il suo lavoro e che la sua responsabilità verso il club è più profonda di qualsiasi preoccupazione per i risultati.