Gli allenatori assistenti Tom Cichon e Patrick Kohlmann hanno lasciato il club, con l'uscita di Werner confermata mercoledì.
Il direttore sportivo Marcel Schafer ha dichiarato che la decisione è seguita a una revisione approfondita della stagione.
"Negli ultimi giorni abbiamo effettuato una revisione finale approfondita della stagione recente," ha detto Schafer. "Martedì sera abbiamo deciso che un cambiamento di allenatore era necessario."
Schafer ha ringraziato Werner e il suo staff per il loro contributo alla ricostruzione del Leipzig.
"Vogliamo ringraziare Ole, Tom e Patrick per tutto il loro duro lavoro e impegno al RB Leipzig," ha detto. "Hanno svolto un ruolo importante nella nostra riuscita ricostruzione e nella qualificazione per la Champions League. Tuttavia, crediamo che le sfide future richiedano nuove idee e un approccio diverso."
Jan Zimmermann, un altro assistente di Werner, rimane con il club per ora, con il RB Leipzig che deve ancora confermare se rimarrà sotto un nuovo allenatore.
Jurgen Klopp, responsabile del calcio globale di Red Bull, ha affrontato la decisione in un'intervista con Magenta TV, dove sta lavorando come commentatore per la Coppa del Mondo.
"Agiamo in qualità di consulenti come Global Team," ha detto Klopp. "Ciò significa che siamo stati coinvolti nel processo decisionale. Abbiamo analizzato la stagione -- Ole ha fatto un ottimo lavoro, ci siamo qualificati per la Champions League. Ma allo stesso tempo dobbiamo anche guardare avanti."
Il licenziamento di Werner, insieme a quello del suo staff tecnico, dovrebbe costare al RB Leipzig circa 3,5 milioni di euro, con il 38enne che aveva un anno di contratto rimanente.
Martin Demichelis, attualmente allenatore del RCD Mallorca, è il candidato principale per sostituire Werner, con rapporti in Germania e Spagna che indicano che il Leipzig è pronto a attivare una clausola di rilascio di 2,5 milioni di euro nel suo contratto.
Il giornalista di Sky Florian Plettenberg ha riferito che Demichelis è ora atteso come successore di Werner.
Klopp ha rifiutato di entrare nei dettagli quando gli è stato chiesto di Demichelis.
"Non posso davvero dire nulla al riguardo in questo momento," ha detto. "Non mi coinvolgo in speculazioni."
Werner aveva guidato il Leipzig di nuovo in Champions League nonostante un importante rinnovamento della rosa che ha visto Xavi Simons, Lois Openda e Benjamin Sesko lasciare tutti il club la scorsa estate.