Secondo diversi rapporti dei media tedeschi, l'ex difensore del Bayern Monaco Martin Demichelis, 45 anni, è il candidato principale per sostituirlo.
Werner, 38 anni, ha assunto il comando del Lipsia la scorsa estate con un contratto fino al 2027, arrivando dal Werder Brema dopo averli guidati per 128 partite.
Ha portato il RB Lipsia al terzo posto in Bundesliga in questa stagione, chiudendo con 65 punti, solo due in meno rispetto al record del club.
Quel risultato ha garantito la qualificazione alla Champions League per la prossima stagione.
Nonostante questi risultati, i rapporti suggeriscono che ci sia stata insoddisfazione interna per lo stile di gioco di Werner e per come sia stata ottenuta la qualificazione alla Champions League.
Secondo Sky Sport Germania, le fonti indicano un malcontento da parte del presidente del consiglio di sorveglianza Oliver Mintzlaff e del dipartimento globale di calcio del club, che include Jurgen Klopp e Mario Gomez.
Demichelis, che attualmente allena il RCD Mallorca, ha assunto il comando del club spagnolo a febbraio con un contratto fino al 2028.
Nonostante quel contratto, rapporti dalla Spagna suggeriscono che sia pronto a lasciare Mallorca per Lipsia, con il media spagnolo Marca che descrive il trasferimento come sostanzialmente concordato.
Il broadcaster sudamericano BolaVip ha riportato che il Red Bull è pronto a pagare una somma di risarcimento di circa 3 milioni di euro per assicurarsi i suoi servizi.
Come giocatore, Demichelis ha trascorso del tempo sia al Manchester City che al Bayern Monaco durante una carriera per lo più trascorsa come difensore centrale.
Werner non era la prima scelta del Lipsia quando lo hanno nominato la scorsa estate.
Il club aveva tentato di ingaggiare Cesc Fabregas, che invece è rimasto al Como e ha guidato il club italiano in Champions League.
L'amministratore delegato del Lipsia Marcel Schafer aveva precedentemente indicato una disponibilità a discutere un nuovo contratto con Werner dopo la qualificazione alla Champions League del club.
Tuttavia, all'inizio di giugno aveva iniziato a fare marcia indietro pubblicamente, citando una revisione di fine stagione in corso.
Quella revisione ora sembra essere conclusa, con rapporti che suggeriscono un esito sfavorevole per Werner.
Il Lipsia entra nella nuova stagione avendo già perso giocatori chiave in attacco, con Xavi Simons, Loic Openda e Benjamin Sesko tutti partiti la scorsa estate.
Un cambio di allenatore così presto dopo l'arrivo di Werner segnerebbe un altro reset per un club che ha cambiato diversi allenatori nelle ultime stagioni.
Per Demichelis, un trasferimento al Lipsia rappresenterebbe un significativo passo avanti rispetto a Mallorca e un ritorno a una delle posizioni di allenamento più prestigiose d'Europa.
Nulla è stato ancora confermato da entrambi i club, ma il volume e la coerenza dei rapporti provenienti da Germania e Spagna suggeriscono che un annuncio potrebbe non essere lontano.