Guimarães è passato all'Arsenal in un trasferimento da 75 milioni di sterline all'inizio di quest'estate dopo prolungate trattative tra i due club, durante le quali il Newcastle United ha rifiutato diverse offerte prima di accettare di vendere il centrocampista brasiliano.
Era un fermo favorito dei tifosi a Tyneside, ma ha spinto per il trasferimento una volta che l'interesse dell'Arsenal è diventato noto, costringendo il Newcastle a consentire riluttantemente la sua uscita.
"Non volevamo perdere Bruno Guimarães. È stato davvero deludente arrivare a quel punto alla fine, anche se eravamo felici per i risultati ottenuti in termini di numeri," ha detto Wilson a Sky Sports.
"Quello non faceva parte del nostro piano. Tutto il resto che è successo durante la finestra faceva parte del piano."
L'estate del Newcastle ha visto anche Sandro Tonali partire per il Tottenham e Anthony Gordon lasciare, con i proventi di tutte e tre le vendite reinvestiti in acquisti tra cui Sean Steur, Lukas Hornicek, Amad Dedic e Nico Gonzalez mentre il club cercava di rimodellare la propria rosa mantenendo i conti in ordine.
L'agitazione è stata aggravata dalla partenza a sorpresa di Eddie Howe in agosto, alimentando la percezione dall'esterno del club che la finestra fosse scivolata nel caos, con il direttore sportivo ora incaricato di stabilizzare la situazione insieme a un nuovo allenatore.
Wilson ha respinto fermamente quella caratterizzazione.
"Onestamente, non è mai sembrato caotico all'interno. Non ha senso fingere il contrario," ha detto. "Questo non significa che ogni singolo giocatore che ha firmato fosse il nome numero uno nella nostra lista, ma non è mai così in nessuna finestra di trasferimento. Chiaramente siamo stati delusi un paio di volte, ma, di nuovo, è normale.
"Nessun club entra nella finestra e raggiunge la fine ottenendo ogni obiettivo che si era prefissato. Se dicono di averlo fatto, è una bugia."
Ha aggiunto che il Newcastle considerava il proprio lavoro per la stagione completato, anche se non necessariamente definitivo, lasciando aperta la porta a ulteriori arrivi.
"Abbiamo costruito una rosa per la stagione. Questo non significa che potremmo non apportare ulteriori modifiche a gennaio."