Fernandez alla fine ha ottenuto il suo desiderio sotto forma di un trasferimento da 125 milioni di sterline all'ultimo giorno di mercato al Manchester City, una cifra che ha eguagliato il record di trasferimento britannico stabilito dal Liverpool con l'acquisto di Alexander Isak l'estate precedente, dopo aver flirtato in precedenza con un trasferimento al Real Madrid. Il Chelsea ha atteso il massimo possibile prima di autorizzare la vendita, ma il ritardo li ha lasciati senza un sostituto a centrocampo dopo che un tentativo tardivo di firmare Lamine Camara del Monaco è fallito quando il club francese si è ritirato dall'affare, uno sviluppo che ha lasciato la gerarchia del Chelsea furiosa.
Il vice-capitano Fernandez ha sentito di non avere più un rapporto con i suoi compagni di squadra del Chelsea e ha presentato non una, ma due richieste di trasferimento scritte durante l'estate nel suo tentativo di forzare un trasferimento lontano da Stamford Bridge.
Il suo tempo a ovest di Londra era già stato turbolento molto prima di ciò. Il club lo ha sostenuto dopo che è stato filmato mentre cantava un canto razzista sulla nazionale francese e ha continuato a dargli tempo di gioco la scorsa stagione nonostante quello che è stato ampiamente visto come un disprezzo pubblico nei confronti del club. Sul campo, però, il Chelsea ha realizzato un buon profitto dall'affare, e Fernandez è stato una figura chiave nella squadra che ha vinto il Club World Cup e la Conference League come uno dei primi grandi acquisti dell'era di proprietà di BlueCo.
Il suo comportamento è stato in netto contrasto con quello di Pedro Neto, che è stato recentemente premiato con un nuovo contratto valido fino al 2032 nonostante l'interesse del Manchester City e della Saudi Pro League, scegliendo invece di lottare per il suo posto sotto Xabi Alonso e abbracciare un nuovo ruolo come terzino.
Fernandez aveva anche criticato pubblicamente il club la scorsa stagione per la decisione di lasciare partire Enzo Maresca per il Manchester City, dicendo di non comprendere le motivazioni dietro l'autorizzazione all'uscita dell'italiano.
"Non lo capisco. A volte ci sono cose che noi come giocatori non comprendiamo, come e in che modo cercano di gestire le cose," ha detto Fernandez all'epoca. "Ovviamente, è stata una partenza che ci ha fatto molto male, specialmente a metà stagione, interrompe tutto. Avevamo un'identità.
"Ci ha dato un ordine, anche se, come è nel modo del calcio, a volte è buono e cattivo. Ma ha sempre avuto un'identità molto chiara quando si trattava di allenarsi e giocare."
Fernandez e Maresca sono rimasti in contatto regolare dopo la partenza dell'italiano, un'amicizia che ha deluso il Chelsea nei confronti del loro vice-capitano durante un periodo difficile sia dentro che fuori dal campo, anche se non c'è nulla contro i giocatori che rimangono in contatto con ex allenatori. Maresca ha fatto di Fernandez il suo obiettivo di trasferimento numero uno mentre il City ristrutturava il proprio centrocampo quest'estate, portando anche Ayyoub Bouaddi ed Elliot Anderson mentre permetteva a Rodri di partire per il Barcellona.