L'attaccante dell'Al-Nassr di 41 anni ha incontrato Jesus mercoledì nel tentativo di affrontare la situazione dopo essere stato lasciato in panchina per la vittoria in Nations League.
Ronaldo ha successivamente annunciato di aver deciso di lasciare la nazionale.
"Dopo la conferenza stampa della nazionale, e a seguito di una conversazione con il Presidente della Federazione Portoghese di Calcio, ho deciso di lasciare la nazionale," ha scritto su Instagram.
"Col tempo, dirò a tutti i portoghesi la verità sui motivi che mi hanno spinto a lasciare la nazionale, a cui mi sono sempre dedicato.
"Ora è il momento di augurare buona fortuna al Portogallo e a tutti i miei compagni di squadra, senza eccezioni."
La decisione è arrivata poco dopo che Jesus aveva affrontato la situazione nella sua conferenza stampa.
L'allenatore del Portogallo ha detto che non c'è stato alcun grande incidente tra lui e Ronaldo, anche se ha riconosciuto che l'attaccante era scontento dopo aver trascorso la partita contro la Norvegia in panchina.
"Non c'è stato alcun incidente," ha detto Jesus.
"Qualsiasi giocatore - e io stesso ero un giocatore - quando trascorri 20 o 30 minuti a scaldarti e poi non entri, nessuno è felice per questo."
Jesus ha spiegato che inizialmente intendeva utilizzare Ronaldo come sostituto ma alla fine ha deciso di non farlo entrare.
"Dopo, come allenatore, ho deciso di non farlo entrare. Non è nulla di cui fare un gran parlare," ha detto.
Ha anche insistito sul fatto che lo status di Ronaldo non influenzerebbe le sue decisioni.
"Il modo in cui leggevo la partita (contro la Norvegia), non è entrato," ha detto Jesus.
"Perché non è Cristiano, proprio come non sarà mai nessun giocatore a cambiare le mie idee come allenatore. Mai! Non lui, non nessuno nel calcio. Non lui, non alcun presidente. Mai! Zero!"
Goncalo Ramos ha iniziato contro la Norvegia e ha segnato il gol della vittoria, con Jesus che ha successivamente indicato che l'attaccante del AC Milan inizierà anche la prossima partita contro la Danimarca.
La partenza di Ronaldo solleva nuove domande sul futuro della sua carriera internazionale.
Aveva recentemente parlato del suo desiderio di continuare a rappresentare il Portogallo, dicendo di credere ancora di poter aiutare la nazionale e che si fermerà quando sentirà di non poter più contribuire.
"Credo ancora di essere in grado di aiutare la nazionale a raggiungere ciò che desidera, e finirò quando sentirò di non fare nulla qui," ha detto Ronaldo in precedenza.
"Penso di poter dare alla nazionale il mio supporto, non solo attraverso i gol, ma anche al di fuori del calcio."
Ronaldo ha vinto 234 presenze per il Portogallo e ha segnato 146 gol internazionali.
La sua ultima decisione arriva dopo che la sua relazione con Jesus è stata messa sotto esame solo pochi mesi dopo che l'allenatore ha assunto il comando della nazionale.
Jesus ha sostenuto che la sua decisione di non utilizzare Ronaldo dalla panchina contro la Norvegia era puramente tattica.
Ronaldo, tuttavia, ha detto che spiegherà eventualmente i motivi dietro la sua decisione di lasciare la nazionale.