Musiala non ha giocato per il Bayern da quando è collassato in campo in due amichevoli di pre-stagione contro il RB Leipzig e l'Heidenheim il mese scorso.
Il 23enne ha successivamente confermato su Instagram di essere stato diagnosticato con crisi di assenza causate da una disfunzione neurologica, aggiungendo che non c'era alcun rischio per la salute e che intendeva continuare a giocare come prima.
Il Bayern Monaco ha dichiarato che gli episodi sono stati innescati da un cambiamento nella medicazione che stava assumendo per la condizione, di cui il club era a conoscenza dalla scorsa stagione.
Parlando con ARD martedì sera, Eberl ha spiegato l'approccio del club per riportare il centrocampista in contesa.
"Con Jamal, la situazione è che dopo i due ultimi incidenti stiamo cercando di costruire un periodo senza crisi," ha detto Eberl.
"Credo che possa scomparire completamente -- questa è la grande speranza -- ma è difficile. Prima questo periodo senza crisi, e una volta che ci sarà, potrà tornare in campo con noi."
Il Bayern affronterà lo Schalke in trasferta sabato nella sua seconda partita di Bundesliga della stagione, e l'allenatore Vincent Kompany è stato cauto quando gli è stato chiesto se Musiala potesse essere coinvolto.
"Forse. Ma non voglio mettere ulteriore pressione sul ragazzo," ha detto Kompany su Sky. "Sta bene, sta migliorando. Se le cose continuano così, non ci vorrà molto."
Kompany ha confermato che Musiala è in forma e ha ripreso gli allenamenti completi con la squadra.
Altrove, Eberl ha anche affrontato i colloqui contrattuali in corso con Harry Kane, che ha segnato due gol nella vittoria del Bayern in DFB-Pokal contro il VfL Osnabrück per continuare il suo prolifico record davanti alla porta.
L'attuale contratto del 32enne scade alla fine della stagione, con la durata di qualsiasi estensione che si sta rivelando il principale punto di attrito -- il Bayern vuole legarlo fino al 2029, mentre si dice che Kane preferisca un contratto fino al 2030.
"È relativo definirlo una formalità," ha detto Eberl. "I colloqui devono avvenire, così come le partite devono essere giocate, questo è chiaro. Ciò che si può dire è che entrambe le parti lo vogliono, e quindi dovrebbe funzionare. Se sarà facile, non lo so, ma rimaniamo fiduciosi."